SRA

Detalii de transmitere

Înregistrarea unui studiu și a subiecților în dbGaP

O prezentare interactivă a transmiterii dbGaP poate fi găsită aici.

Pachetul de documentație pentru transmiterea dbGaP poate fi descărcat [aici.

Toate întrebările referitoare la această etapă a depunerii trebuie adresate la [email protected].

SRA: Trimiteți metadatele de secvențiere către curatorul SRA

Contactați personalul SRA la [email protected] și furnizați numărul de acces al studiului dvs. (phs######) în linia de subiect (va ajuta la atribuirea problemei dvs. persoanei potrivite), iar SRA vă va furniza o foaie de calcul pentru metadatele de secvențiere pe care trebuie să o completați și să o returnați.

Coloana „sample” din foaia de calcul a metadatelor de secvențiere va fi precompletată cu identificatorii dvs. dbGaP (accesarea studiului și ID-urile de eșantionare ale dbGaP). Va trebui să completați foaia de calcul cu detaliile tehnice necesare și cu numele și sumele de control MD5 ale fișierelor de secvențe pe care le veți încărca

Rețineți că fiecare library_id trebuie să fie unic, titlul trebuie să permită utilizatorilor să identifice și să distingă secvențele dvs., iar descrierea proiectului trebuie să fie un scurt (1 până la 3 fraze) material și metode care să descrie modul în care biblioteca a fost pregătită și secvențiată. Instrucțiuni și descrieri suplimentare sunt furnizate în foaia de calcul. Vă rugăm să furnizați descrierea designului ca text pe o singură linie, fără linii noi sau caractere speciale.

SRA: Transferați fișierele de secvențe în contul protejat SRA

Un curator SRA vă va asista la încărcarea fișierelor după ce foaia de calcul a metadatelor de secvențiere a fost completată și returnată.

Încărcați fișierele de date numai în contul de încărcare care v-a fost furnizat după ce ați completat foaia de calcul a metadatelor.

Trebuie să:

1. Generați o pereche de chei ssh.
2. Furnizați fișierul cu cheia publică (de exemplu, *.pub) către NCBI.
3. Utilizați ascp pentru a transfera fișierele.

Transmițătorii trebuie să utilizeze programul de linie de comandă ascp din Aspera pentru a transmite fișierele de date. ascp este împachetat cu Aspera Connect, care este disponibil de pe pagina de descărcare de aici: Aspera Connect Downloads.

Acest program poate fi utilizat gratuit de către solicitanții care transmit date către și de la NCBI. Verificați cu echipa dvs. de rețea locală pentru a vă asigura că transferul UDP este activat pentru următorul interval IP: 130.14.\*.\* și 165.112.\*.\*. Firewall-ul trebuie să permită, de asemenea, traficul ssh de ieșire către NCBI.

Perechi de chei Aspera

Solicitanții vor trebui să genereze perechi de chei pentru a utiliza contul de încărcare Aspera (a se vedea instrucțiunile de mai jos pentru crearea unei perechi de chei pe diferite sisteme de operare).

Întoarceți doar cheia publică către curatorul SRA care asistă în prezent pentru a primi acces la contul de încărcare [email protected].

Linux/Unix și OS X

Utilizatorii Linux/Unix și OS X pot utiliza utilitarul ssh-keygen din linia de comandă.

Următoarea linie de comandă creează o cheie privată (mykey) și o cheie publică (mykey.pub) în directorul de lucru curent:

PuTTYgen pentru Windows

Instrucțiunile pentru descărcarea și utilizarea PuTTYgen pentru generarea perechilor de chei pot fi găsite în ghidul mai detaliat de aici: Aspera Keys.

Utilizarea liniei de comandă Aspera

După ce cheia dvs. a fost adăugată și vi s-a acordat acces, vă puteți încărca fișierele prin ascp.

Un exemplu de comandă ascp pentru încărcări dbGaP:

Unde:

• <directory> este fie test fie protected.
• <key file> este un fișier cu cheie privată (trebuie utilizat numele complet al căii de acces).

Nu setați opțiunea -T pentru transferuri protejate.

Confirmați primirea datelor

După ce toate fișierele și metadatele au fost încărcate, vă rugăm să confirmați cu curatorul SRA că partea SRA a depunerii dbGAP este completă. Curatorul poate furniza un raport al fișierelor care au fost încărcate. Există, de asemenea, un raport nocturn pe eșantioane furnizat pe site-ul web dbGaP. Schimbați accesul phs000000 din adresa de mai jos cu studiul dumneavoastră pentru raport. Pentru raportul în format XML, schimbați rettype=html cu rettype=xml.

.