SRA

Dettagli della presentazione

Registra uno studio e dei soggetti con dbGaP

Una panoramica interattiva della presentazione dbGaP può essere trovata qui.

Il pacchetto di documentazione per la presentazione dbGaP può essere scaricato [qui.

Tutte le domande relative a questa fase della presentazione devono essere indirizzate a [email protected].

SRA: Invia i metadati di sequenziamento al Curatore SRA

Contatta lo staff SRA all’indirizzo [email protected] e fornisci l’adesione del tuo studio (phs######) nella riga dell’oggetto (aiuterà ad assegnare il tuo problema alla persona giusta) e il SRA ti fornirà un foglio di calcolo dei metadati di sequenziamento da completare e restituire.

La colonna dei campioni del foglio di calcolo dei metadati di sequenziamento sarà precompilata con i vostri identificatori dbGaP (l’adesione dello studio e gli ID dei campioni del dbGaP). Dovrai completare il foglio di calcolo con i dettagli tecnici richiesti e i nomi e le checksum MD5 dei file di sequenza che caricherai

Si prega di notare che ogni library_id deve essere unico, il titolo dovrebbe permettere agli utenti di identificare e distinguere le tue sequenze, e la descrizione del progetto dovrebbe essere un breve (da 1 a 3 frasi) materiali e metodi che descrivono come la libreria è stata preparata e sequenziata. Ulteriori istruzioni e descrizioni sono fornite nel foglio di calcolo. Si prega di fornire la descrizione del progetto come testo su una sola riga senza newline o caratteri speciali.

SRA: Trasferisci i file di sequenza all’account SRA protetto

Un curatore SRA ti assisterà nel caricamento dei file una volta che il foglio di calcolo dei metadati di sequenziamento è stato completato e restituito.

Carica i file di dati solo sull’account di caricamento fornitoti dopo aver completato il foglio di calcolo dei metadati.

Devi:

1. Generare una coppia di chiavi ssh.
2. Fornire il file della chiave pubblica (per esempio, *.pub) all’NCBI.
3. Utilizzare ascp per trasferire i file.

I trasmettitori devono usare il programma a riga di comando ascp di Aspera per trasmettere i file di dati. ascp è confezionato con Aspera Connect, che è disponibile nella pagina di download qui: Aspera Connect Downloads.

Questo programma è gratuito da usare per chi trasmette dati da e per NCBI. Controlla con il tuo team di rete locale per assicurarti che il trasferimento UDP sia abilitato per il seguente intervallo IP: 130.14.\*.\* e 165.112.\*.\*. Il firewall deve anche permettere il traffico ssh in uscita verso l’NCBI.

Coppie di chiavi Aspera

Gli invianti dovranno generare coppie di chiavi per usare l’account di upload Aspera (vedi le istruzioni qui sotto per creare una coppia di chiavi su diversi sistemi operativi).

Invia solo la chiave pubblica al Curatore SRA che attualmente assiste per ricevere accesso all’account di upload [email protected].

Linux/Unix e OS X

Gli utenti di Linux/Unix e OS X possono usare l’utilità ssh-keygen della linea di comando.

La seguente linea di comando crea una chiave privata (mykey) e una chiave pubblica (mykey.pub) nella directory di lavoro corrente:

PuTTYgen per Windows

Le istruzioni per scaricare e usare PuTTYgen per generare coppie di chiavi si possono trovare nella guida più dettagliata qui: Aspera Keys.

Uso della linea di comando Aspera

Una volta che la tua chiave è stata aggiunta e ti è stato concesso l’accesso puoi caricare i tuoi file via ascp.

Un esempio di comando ascp per l’upload di dbGaP:

dove:

• <directory> è test o protected.
• <key file> è un file di chiave privata (deve essere usato il percorso completo).

Non impostare l’opzione -T per trasferimenti protetti.

Conferma la ricezione dei dati

Una volta che tutti i file e i metadati sono stati caricati, per favore conferma con il tuo Curatore SRA che la parte SRA della tua presentazione dbGAP è completa. Il curatore può fornire un rapporto dei file che sono stati caricati. C’è anche un rapporto notturno per campioni fornito sul sito web dbGaP. Cambia l’adesione phs000000 nell’indirizzo sotto al tuo studio per il rapporto. Per il rapporto in formato XML cambia rettype=html in rettype=xml.