Termine del mandato: 1654-1672
Come il suo predecessore, Charles Chauncy (1592-1672) si mise nei guai per il suo credo religioso. I problemi di Chauncy, tuttavia, precedettero il suo arrivo nel Nuovo Mondo e, infatti, probabilmente contribuirono alla sua decisione di emigrare nel 1638. Incline a cavillare su piccoli punti, Chauncy aveva anche scontato una breve pena detentiva imposta a causa della “sua tenera coscienza in materia di cerimonie”. (Samuel Eliot Morison)
Nonostante questi episodi di anticonformismo, il presidente Chauncy continuò sulla strada tracciata da Henry Dunster. La visione di Chauncy abbracciava sia l’ortodossia religiosa che la curiosità scientifica. Da un lato, egli esigeva che gli studenti aderissero ad un rigoroso programma di devozioni religiose. (Come osserva Morison, “È un’ipotesi sicura che nessuna generazione di studenti di Harvard abbia ascoltato così tanti sermoni come gli allievi del presidente Chauncy”). Dall’altro, sostenne la moderna prospettiva astronomica di Galileo, e il College ricevette il suo primo telescopio poco prima della sua morte in carica. Molti considerano Chauncy come il principale studioso del New England del suo tempo e forse il più dotto di tutti i presidenti di Harvard dell’epoca coloniale. L’arabo non era che una delle numerose lingue straniere al suo comando.
Durante gli anni di Chauncy, la prima stampa universitaria americana fiorì nello Yard, producendo materiali sia in inglese che nelle lingue native. (Non tutte queste attività trovarono il favore dall’altra parte del fiume, a Boston: nel 1662, in risposta a volumi non specificati della tipografia di Harvard, la Grande e Generale Corte approvò la prima legge della Bay Colony sulla censura dei libri). Forse la pubblicazione più notevole fu la Bibbia Indiana di 1.200 pagine (1663), tradotta in algonchino da John Eliot. La Bibbia Indiana – la prima Bibbia stampata in Nord America – rimase in uso per quasi due secoli. Questo periodo portò anche il primo laureato nativo americano di Harvard: Caleb Cheeshahteaumauk, classe 1665.
Una frustrazione infinita era lo stipendio annuale di Chauncy di 100 sterline, molte delle quali pagate in beni. Questo era più dello stipendio di Dunster (in media 55 sterline all’anno) ma appena sufficiente per la moglie di Chauncy, otto figli (i sei figli di Chauncy si laurearono ad Harvard: due nel 1651, uno nel 1657 e tre nel 1661) e tre domestici. Nonostante vari appelli alla legislatura coloniale a Boston, Chauncy non riuscì mai ad ottenere un aumento.
Chauncy morì in carica il 29 febbraio 1672 (= 19 febbraio 1671, nel calendario giuliano allora usato dai coloni inglesi).