The Cooper River er en flod, der hovedsageligt er en tidevandsflod i den amerikanske stat South Carolina. Byerne Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner og Hanahan ligger langs floden. Floden er kort og bred og er først forbundet med den sortvandede East Branch og derefter længere nedstrøms ved tidevandsfloden Wando River. Næsten umiddelbart herefter udvider Cooper River sig til sin flodmunding og forenes med Ashley River for at danne Charleston Harbor.
Langt brugt som en vigtig kommerciel vandvej blev West Branch of the Cooper River oprindeligt forbundet med Santee River nær dens navigationshoved ved Santee Canal, der blev bygget i slutningen af det 18. århundrede. Selv om West Branch stadig udspringer som en sortvandssump i det centrale Berkeley County, er dens vigtigste udspring blevet flyttet problemfrit til Moultrie-søen ved 1940’ernes vintage Tail Race Canal. Moultrie-søen tilføres igen fra Marion-søen via en afledningskanal, der blev bygget omkring samme tidsperiode. Denne kunstige omlægning af Cooper River-bækkenet har i det væsentlige forenet Santee- og Cooper River-systemerne til en enkelt hydrologisk afvandingsenhed.
Floden blev opkaldt efter Anthony Ashley Cooper, 1st Earl of Shaftesbury og øverste Lord Proprietor of the Carolina Colony. Charleston blev grundlagt på den vestlige bred af Ashley River i 1670 (ved Charles Towne Landing), inden den flyttede over til sin nuværende placering på halvøen ti år senere.
Ris og indigo var de primære råvareafgrøder, der blev dyrket på plantagerne omkring det brakvandsfattige sumpområde ved Cooper River fra den tidlige kolonitid til slutningen af borgerkrigsperioden. Tidligere plantager langs floden omfatter Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby og Mepkin, som nu drives som Mepkin Abbey, et trappistkloster. Mange af disse og andre strukturer bidrager til Cooper River Historic District, et nationalt historisk distrikt, der omfatter områder langs begge flodarme. Ud over Mepkin Abbey Botanical Garden omfatter de nærliggende attraktioner Cypress Gardens og Old Santee Canal Park.
Daniel Island og Drum Island (ubeboet) grænser op til floden. Fragtterminaler, en papirfabrik og den tidligere Charleston Naval Base ligger langs bredden. Patriot’s Point flåde- og søfartsmuseum ligger ved flodens udmunding. Ved Patriot’s Point ligger fire museumsskibe, især USS Yorktown, et hangarskib fra 2. verdenskrig.
Goose Creek, en biflod til Cooper River, var stedet for en ubådsbase i den amerikanske flåde indtil slutningen af 1990’erne. Den fungerede som et anlæg til håndtering af atomvåben, der servicerede flådens ballistiske ubåde indtil indførelsen af det større Trident-bådsbaserede ballistiske missil, der blev affyret af ubåde. Da ubådene i Ohio-klassen krævede en større dybgang, måtte håndteringen af atomvåben flyttes til en anden facilitet.