Kosmider er overvejende plasmider med en bakteriel oriV, en antibiotisk selektionsmarkør og et kloningssted, men de har et, eller for nylig to, cos-steder, der stammer fra bakteriofagens lambda. Afhængigt af forsøgets særlige formål findes der cosmider med et bredt værtsområde, shuttle-cosmider eller “pattedyr”-cosmider (knyttet til SV40 oriV og pattedyrsudvælgelsesmarkører). Cosmidernes belastningskapacitet varierer afhængigt af selve vektorens størrelse, men ligger normalt omkring 40-45 kb. Kloningsproceduren indebærer, at der dannes to vektorarme, som derefter forbindes med det fremmede DNA. Udvælgelse mod vild type cosmid-DNA sker simpelthen ved hjælp af størrelseseksklusion. Kosmider danner derfor altid kolonier og ikke plaques. Klontætheden er også meget lavere med omkring 105-106 CFU pr. µg ligeret DNA.
Efter konstruktionen af rekombinante lambda- eller cosmidbiblioteker overføres det samlede DNA til en passende E. coli-vært ved hjælp af en teknik kaldet in vitro-pakning. De nødvendige pakningsekstrakter stammer fra E. coli cI857 lysogener (henholdsvis red- gam- Sam og Dam (head assembly) og Eam (tail assembly)). Disse ekstrakter vil genkende og pakke de rekombinante molekyler in vitro og generere enten modne fagepartikler (lambda-baserede vektorer) eller rekombinante plasmider indeholdt i fageskaller (cosmider). Disse forskelle afspejles i de forskellige infektionsfrekvenser, der ses til fordel for lambda-erstatningsvektorer. Dette kompenserer for deres lidt lavere belastningskapacitet. Fagbiblioteker opbevares og screenes også lettere end cosmidbiblioteker.
Mål-DNA: Det genomiske DNA, der skal kloneres, skal skæres i restriktionsfragmenter af passende størrelsesintervaller. Dette sker normalt ved delvis restriktion efterfulgt af enten størrelsesfraktionering eller dephosphorylering (ved hjælp af kalveintestinphosphatase) for at undgå kromosomforvrængning, dvs. ligering af fysisk ikke-forbundne fragmenter.