Kosmidit ovat pääasiassa plasmideja, joissa on bakteerin oriV, antibioottinen valintamarkkeri ja kloonauskohta, mutta niissä on myös yksi, tai viime aikoina kaksi, bakteriofaagilambdasta peräisin olevaa cos-kohtaa. Kokeen erityistavoitteesta riippuen on saatavilla laajan isäntäalueen kosmideja, sukkulakosmideja tai ”nisäkäs”-kosmideja (jotka on yhdistetty SV40-oriV:hen ja nisäkäsvalintamarkkereihin). Kosmidien latauskapasiteetti vaihtelee vektorin koon mukaan, mutta on yleensä noin 40-45 kb. Kloonausmenetelmässä muodostetaan kaksi vektorivartta, jotka sitten liitetään vieraaseen DNA:han. Valinta villityyppistä kosmidi-DNA:ta vastaan tehdään yksinkertaisesti kokosulkemalla. Kosmidit muodostavat näin ollen aina pesäkkeitä eikä plakkeja. Myös kloonitiheys on paljon alhaisempi, noin 105-106 CFU:ta µg:aa ligitoitua DNA:ta kohti.
Rekombinantti-lambda- tai kosmidi-kirjastojen rakentamisen jälkeen koko DNA siirretään sopivaan E. coli -isäntäkanavaan tekniikalla, jota kutsutaan in vitro-pakkaamiseksi. Tarvittavat pakkausuutteet saadaan E. coli cI857:n lysogeeneistä (red- gam- Sam ja Dam (head assembly) ja Eam (tail assembly)). Nämä uutteet tunnistavat ja pakkaavat rekombinanttimolekyylit in vitro, jolloin syntyy joko kypsiä faagipartikkeleita (lambda-pohjaisia vektoreita) tai faagien kuorissa olevia rekombinanttiplasmideja (kosmideja). Nämä erot näkyvät erilaisissa tartuntataajuuksissa, jotka suosivat lambdaa korvaavia vektoreita. Tämä kompensoi niiden hieman alhaisemman lastauskapasiteetin. Faagikirjastot ovat myös helpommin varastoitavissa ja seulottavissa kuin kosmidikirjastot.
Kohde-DNA: Kloonattava genominen DNA on leikattava sopivaan kokoluokkaan restriktiofragmentteja. Tämä tehdään yleensä osittaisella restriktiolla, jota seuraa joko koon fraktiointi tai defosforylaatio (vasikan suolen fosfataasia käyttäen), jotta vältetään kromosomien sekoittuminen eli fyysisesti toisiinsa liittymättömien fragmenttien ligaatio.