Cyanat er en ambidentatligand, som kan afgive et elektronpar på nitrogenatomet eller oxygenatomet eller begge dele. Strukturelt kan isomerne skelnes ved kompleksets geometri. I N-bundne cyanatkomplekser har M-NCO-enheden undertiden en lineær struktur, men med O-bundet cyanat er M-O-C-enheden bøjet. Således har sølvcyanatokomplekset, -, en lineær struktur som vist ved røntgenkrystallografi. Krystalstrukturen af sølvcyanat viser imidlertid zigzagkæder af nitrogenatomer og sølvatomer. Der findes også en struktur
NCO / \Ni Ni \ / OCN
, hvori Ni-N-C-gruppen er bøjet.
Infrarød spektroskopi er blevet anvendt i vid udstrækning til at skelne mellem isomerer. Mange komplekser af tosidige metaller er N-bundne. O-binding er blevet foreslået for komplekser af typen n-, M = Mo(III), Re(IV) og Re(V). Det gule kompleks Rh(PPh3)3(NCO) og det orange kompleks Rh(PPh3)3(OCN) er bindingsisomerer og viser forskelle i deres infrarøde spekter, som kan bruges til diagnosticering (PPh3 står for triphenylphosphin).
Cyanat-ionen kan bygge bro mellem to metalatomer ved at bruge begge sine donoratomer. Denne struktur findes f.eks. i forbindelsen 2. I denne forbindelse er både Ni-N-C-enheden og Ni-O-C-enheden bøjet, selv om donationen i det første tilfælde sker gennem nitrogenatomet.