Cyanatul este un ligand ambidentat care poate dona perechea de electroni de pe atomul de azot sau de pe atomul de oxigen, sau de pe ambele. Din punct de vedere structural, izomerii pot fi deosebiți prin geometria complexului. În cazul complexelor de cianat cu legătură N, unitatea M-NCO are uneori o structură liniară, dar în cazul cianatului cu legătură O, unitatea M-O-C este curbată. Astfel, complexul cianat de argint, -, are o structură liniară, așa cum se arată prin cristalografie cu raze X. Cu toate acestea, structura cristalină a cianatului de argint prezintă lanțuri în zig-zag de atomi de azot și atomi de argint. Există, de asemenea, o structură
NCO / \Ni Ni \ / OCN
în care gruparea Ni-N-C este curbată.
Spectroscopia în infraroșu a fost folosită pe scară largă pentru a distinge între izomeri. Mulți complecși ai metalelor divalente au legături N. Legătura O a fost sugerată pentru complecșii de tip n-, M = Mo(III), Re(IV) și Re(V). Complexul galben Rh(PPh3)3(NCO) și complexul portocaliu Rh(PPh3)3(OCN) sunt izomeri de legătură și prezintă diferențe în spectrele lor în infraroșu care pot fi folosite pentru diagnosticare (PPh3 reprezintă trifenilfosfină).
Ionul cianat poate realiza punți între doi atomi de metal prin utilizarea ambilor săi atomi donatori. De exemplu, această structură se regăsește în compusul 2. În acest compus atât unitatea Ni-N-C, cât și unitatea Ni-O-C sunt îndoite, chiar dacă în primul caz donarea se face prin atomul de azot.
.