Kunne vi ændre en emu til en dinosaur?
Her vil vi diskutere Jack Horners Chickenosaurus-projekt. Vi har brug for at vide, hvilke modifikationer der skal til for at give en kylling sine tænder, sin hale osv. tilbage. Vi diskuterer også kritikken af projektet.
Giv venligst kilder til hver påstand og citat.
Fortskridt, vi gør på dette forum, skal indarbejdes i artiklen om Chickenosaurus.
Hale
Aldgamle fugle, som Archaeopteryx, havde en lang reptilhale. Moderne fugle har stadig en rudimentær hale. Hovedfokus i Horners projekt er at identificere de(t) gen(er), der forårsager hæmning af haleudviklingen i fosterstadiet. Ved at ændre udtryksmønstrene for disse gener kunne man opdrætte høns med lange dinosauriske haler.
Den idé har tiltrukket sig kritik fra mange forskere. Sean Carroll, der er udviklingsbiolog, har eksperimenteret med udviklingen af insekter, og disse eksperimenter har som regel dræbt dem.
Hænder og kløer
Jeg tror, at det vil være ret nemt at skabe et dyr, der minder meget om Dryosaurus eller Hypsilophodon, ved hjælp af denne metode, da kyllingen allerede har en ornithischisk hoftekonstruktion. Jurassic Park Treasury (talk) 04:56, 10. mar. 2014 (UTC)
Snude
I 2011 lykkedes det en videnskabsmand at skabe en kylling med en snude. Artiklen er på New Scientist, så man skal registrere sig for at læse, men artiklen kan også læses her. Det skal dog bemærkes, at de bare har slukket for sammensmeltningen af forkæben. Jurassic Park Treasury (talk) 22:24, 4. dec. 2013 (UTC)
Tænder
Jeg har hørt, at tandgenet hos høns dræber dem, før de klækkes. Kan genet gøres ikke-dødbringende, eller bliver vi nødt til at droppe tænderne helt og holdent? Og jeg er nysgerrig efter at se de regulerende proteiner og sekvenser. Findes de på NCBI? Jurassic Park Treasury (talk) 06:15, 10. april 2013 (UTC)
Fugle kan tilsyneladende ikke udvikle funktionelle tænder med emalje. De tænder, der udvikles i embryoner, var blot ubrugelige tandknopper. Men selv hvis tandemaljegenerne hos høns er forsvundet eller blevet pseudogener, ville det så være muligt at gøre pseudogenerne funktionelle igen? Jurassic Park Treasury (talk) 01:56, 15. april 2013 (UTC)
Her er en DNA-sekvens i kyllingen, som tidligere var funktionelt enamelin. Med tiden er den blevet til et pseudogen. Men hvis vi kan finde ud af, hvad der gjorde den ikke-funktionel, kan vi potentielt fortryde punktmutationerne og gøre den til et funktionelt gen igen? Jurassic Park Treasury (talk) 06:02, 16. april 2013 (UTC)
Jeg har lige sammenlignet kyllinge enamelin med krokodille enamelin på Clustal Omega. Det viser sig, at kyllinge enamelin har MASSER af huller i det. Den har også en hel del forskelle, så jeg tror også der vil være en masse punktmutationer at opdage. Jurassic Park Treasury (talk) 06:15, 16. april 2013 (UTC)
Hvis enamelin-pseudogenet i kyllingen blev sammenlignet med de funktionelle krokodille- eller alligatorgener, ville det så være muligt at opdage de mutationer, der gjorde genet ikke-funktionelt, og reverse engineer det til en funktionel forfædres tilstand? Og hvis ja, kunne det så også gøres med AMEL-genet? For at hønseosauren kan være en ikke-aviær dinosaur, skal den for mig at se have arme med kløer, en lang hale OG funktionelle tænder. Ornithomimider er den eneste undtagelse. Jurassic Park Treasury (talk) 06:41, 20. maj 2013 (UTC)
Jeg har lavet lidt research. Selv hvis man fik nogle funktionelle emaljegener, så skulle man finde en måde hvorpå generne kunne udtrykkes. Det eneste kendte der gør det muligt for kyllingetandknopper at udvikle sig er talpid2, som er dødelig fordi den ikke kun gør det muligt at danne tænder, men også fordi den ødelægger organsystemer.
Vi bliver nødt til at finde en måde, hvorpå talpid2 kan udtrykkes i kæberne, uden at det påvirker andre dele af kroppen. Jurassic Park Treasury (talk) 03:06, 25. mar. 2014 (UTC)
Hvad med at injicere emalje eller talpid2 på det rigtige tidspunkt i tandknopperne? Ved du om nogen har prøvet det? BastionMonk (talk) 13:17, 3. jun. 2014 (UTC)
Nå, men jeg har nu fundet ud af, at mange enamelløse arter har ikke-funktionelle emaljegener, delvist på grund af tilstedeværelsen af stopkodoner i de resterende enamelin-pseudogener. Stopkodoner kan være TGA, TAA eller TAG. Kyllingens enamelin-pseudogensekvens findes på GenBank, så jeg forsøger nu at finde alle stopkodonerne i den. Derefter kunne vi fjerne dem.
For at undgå at forveksle normale dele af sekvensen med stopkodoner vil jeg imidlertid ikke tælle TGA-, TAA- eller TAG-sekvenser i slutningen af de ti-nucleotidsektioner, som GenBank-sekvenserne præsenteres i som et format.
For eksempel ville dette tælle som et stopkodon i min søgning: TAGgtcagg
Det ville dette imidlertid ikke gøre: gtacaggTAG
Vil dette være en god metode til at undgå at forveksle normale kodoner med stopkodoner? Hvis dette lykkes, tror jeg, at vi potentielt kunne skabe et funktionelt enamelin-gen til kyllingosaurusen. Jurassic Park Treasury (talk) 08:26, 3. jun. 2014 (UTC)
Er det ikke meningen at stopkodonet skal være i højre side? BastionMonk (talk) (UTC) 13:17, 3. jun. 2014 (UTC) Jeg sammenlignede emaljegenet med krokodiller. Lighederne var MEGET små. Jeg kiggede i artiklen af Sire et al. De kunne heller ikke finde gode hits, da de sammenlignede meget konserverede exoner af krokodille ENAM-genet med hele kyllingekromosom 4. De fandt en vis lighed med den “speudogene” region, men de er ikke tilfredse med det. De mener, at generne for ENAM og AMBN højst sandsynligt er gået tabt fra fuglens genom. Kromosom 4 blev omarrangeret lige før fuglenes sidste fælles forfader. Under denne omlægning blev ENAM-regionen erstattet til kromosomets kant. Måske indeholder denne “speudogene” region nogle dele af genet, og måske ikke. De har dog ikke kigget på noget strudsehornsgenom. Så måske… Jeg kiggede hurtigt igen i artiklen af Griffin et al., The evolution of the avian genome as revealed by comparative molecular cytogenetics. De sammenligner kromosomer fra forskellige fugle og skildpadder på baggrund af kromosom-“maling”. De bemærker faktisk, at der i kyllingekromosom 4 fandt rearrangementer og fusioner med andre kromosomer sted. Imidlertid er kromosom 4 stadig uændret i Rhea, Emu, Mallard, Muscovy, Californian Quail, Turkey, Pheasants osv. Hvis det er sandt, må vi bare vente, indtil en af disse fugle er fuldt sekventeret, og få at se, hvordan deres tandgener ser ud. BastionMonk (talk) 13:59, 3. jun. 2014 (UTC) Af disse mener jeg at gråandens og kalkunens genomer er blevet sekventeret. Jeg kan dog ikke finde genet ENAM i nogen database. Emuer og strudse lyder dog som gode kandidater. Jeg bor tilfældigvis i en by med et godt universitet, så måske kunne jeg spørge en genetiker eller evolutionsbiolog, om de er interesseret i at finde ud af, om strudsefugle stadig beholder deres tandgener. Jurassic Park Treasury (talk) 21:13, 3. jun. 2014 (UTC) Det er et meget specifikt emne. Tror ikke en tilfældig genetiker ved det. Gad vide hvordan Jack Horner vil gribe dette problem an. Jeg BLASTede krokodille ENAM genet mod hele Avian databasen. Jeg fik ikke nogen gode resultater. Så jeg tror, at kromosom 4-regionen ikke er sekventeret hos nok archosaurer. BastionMonk (talk) 07:04, 4. jun. 2014 (UTC)
Problemer
En kritiker sagde dette: “Jeg har set Dr. Horners TED-talk om dette før – jeg bryder mig ikke om den af mange grunde. Den vigtigste er af disse grunde er, at ideen om at reverse engineering en dinosaur fra en kylling er en grov fejlfortolkning af den faktiske videnskab. Evo-devo studerer organismers evolutionære relationer. Gennem komplekse og virkelig geniale eksperimenter er forskerne begyndt at afdække retningerne for “opbygningen” af en organisme, og hvordan disse retninger har udviklet sig til at skabe det liv, vi ser omkring os. De er ofte interesserede i de gener og genkombinationer, der koder for forfædres egenskaber, men det er ikke en søgen efter en måde at genopbygge dinosaurer på. I stedet er evo-devo mere en søgen efter at forstå, hvordan/hvorfor komplekse slægtslinjer udvikler sig fra en tilstand til en anden.”
Hvis det er korrekt, så har jeg en mistanke om, at Horner ikke helt forstår hele evo-devo-sagen. En anden kritiker påpegede også, at Horner synes at følge den miskrediterede opfattelse, at “ontogeni følger fylogeni”. Jurassic Park Treasury (talk) 06:03, 4. dec. 2013 (UTC)
Det svarer til at sige, at mikrobiologi er studiet af, hvordan cellemekanismer fungerer, og ikke en søgen efter nye lægemidler. Og derfor er det at forsøge at skabe et nyt lægemiddel ved hjælp af mikrobiologi en “grov fejlfortolkning af den egentlige videnskab”. Hvis Horner havde taget så meget fejl, ville han aldrig have kunnet offentliggøre sin plan i NewScientist. “ontogeny follows phylogeny”. Det er rigtigt, at udviklingen IKKE er en 100% gentagelse af evolutionen. Men den er på ingen måde miskrediteret. Embryonal udvikling bruges stadig af fylogenister og evolutionsbiologer. Den findes i alle lærebøger om evolution. F.eks: Freeman S.,Herron J.C. (2004) Evolutionary Analysis (3th Ed.). Side 51, 52.
BastionMonk (talk) 11:43, 4. december 2013 (UTC)
Dinosaur, eller underlig kylling?
Mange kritikere af projektet hævder, at hønseosauren ikke ville være en ægte ikke-aviær dinosaur, men blot en fugl med en hale og arme. Atavismer ændrer ikke arten af en organisme. Hvis du ser en miniaturehest, der er født med ekstra tæer, kalder du den så en Eohippus? Jurassic Park Treasury (talk) 00:32, 22. okt. 2013 (UTC)
I øjeblikket er der ingen regler for, hvor kunstige dyr hører hjemme på det taksonomiske træ. Craig Venter gav sin modificerede Mycoplasma bacterum “Mycoplasma laboratorium”. Så modifikation ændrede altså dens art. En moderne hest med tæer er ikke Eohippus, for så ville den have brug for næsten ALLE de egenskaber, som Eohippus har. Men hvis man har en enkelt hest med tæer, vil de fleste taxonomer bare kalde den en hest med en afkortning. Men hvis du har en hel flok af disse væsener, vil de sandsynligvis give den et nyt navn, da alle Equus mangler tæer. Taxonomiske navne er mere noget, der er opfundet af mennesker end opdaget. Så hvad ville en chickenosaur være? Tja, hvis det kun er ét dyr, vil de fleste mennesker bare kalde det en kylling med et par forkortelser. Men hvis man har en reproducerende flok af disse skabninger, vil de sandsynligvis give den et nyt navn. Høns har ingen tænder, ingen hale og ingen kløer. Desuden har ikke en eneste klade af nulevende fugle disse egenskaber. Så taxonomerne vil enten være nødt til at opfinde en ny klade eller placere dem i en allerede eksisterende klade (som kunne være en del af den ikke-aviske dinosaurregruppe). BastionMonk (talk) 20:27, 22. okt. 2013 (UTC)
Reproduktion
Horner har sagt, at hvis en kyllingosaurus skulle parre sig med en anden kyllingosaurus, ville det give en kylling, da selve generne ikke er blevet ændret. Er dette sandt? Jurassic Park Treasury (talk) 02:15, 6. mar. 2014 (UTC)
I bogen siger han, at han ikke vil ændre kyllingernes DNA. Horner vil stikke en masse rør ind i et kyllingeembryo under udvikling. På de rigtige stadier af udviklingen vil der blive puttet hormoner og transkriptionsfaktorer ind i embryoet. Hvis dette gøres på den rigtige måde, vil kyllingeembryoet udvikle sig til en kyllingeosaur. Horner og hans hold skal finde frem til den rigtige metode ved hjælp af kvalificerede gæt og forsøg og fejltagelser. Det er lettere at gøre det ved manuelt at manipulere hormonniveauerne end ved at ændre hormonernes reguleringssekvenser. Det er også mere skånsomt, fordi hønseosauren ikke kan formere sig, hvis den ville slippe ud i naturen. Men du skal ikke være bekymret. Når først kyllingosauren er skabt med succes, er det muligt at ændre dens DNA således, at kyllingosaur-fænotypen også er kodet i dens genom. Men det ville være et projekt og sich. BastionMonk (talk) 09:58, 6. marts 2014 (UTC)