Der Cooper River ist ein hauptsächlich von den Gezeiten beeinflusster Fluss im US-Bundesstaat South Carolina. Entlang des Flusses liegen die Städte Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner und Hanahan. Der kurze und breite Fluss mündet zunächst in den Schwarzwasserarm East Branch und dann weiter flussabwärts in den Gezeitenfluss Wando River. Fast unmittelbar danach weitet sich der Cooper River zu seinem Mündungsgebiet und vereinigt sich mit dem Ashley River zum Charleston Harbor.
Der West Branch des Cooper Rivers wurde lange Zeit als wichtiger Handelsweg genutzt und war ursprünglich mit dem Santee River in der Nähe seines Schifffahrtskopfes durch den im späten 18. Obwohl der West Branch immer noch als Schwarzwassersumpf im Zentrum von Berkeley County entspringt, wurde sein Hauptwasserlauf durch den in den 1940er Jahren gebauten Tail Race Canal nahtlos zum Lake Moultrie verlegt. Der Moultrie-See wiederum wird vom Marion-See durch einen Umleitungskanal gespeist, der etwa zur gleichen Zeit gebaut wurde. Durch diese künstliche Umleitung des Einzugsgebiets des Cooper River wurden die Flusssysteme des Santee und des Cooper River im Wesentlichen zu einer einzigen hydrologischen Entwässerungseinheit vereinigt.
Der Fluss wurde nach Anthony Ashley Cooper, dem ersten Earl of Shaftesbury und obersten Lord Proprietor der Kolonie Carolina, benannt. Charleston wurde 1670 am westlichen Ufer des Ashley River gegründet (bei Charles Towne Landing), bevor es zehn Jahre später auf die andere Seite der Halbinsel verlegt wurde.
Reis und Indigo waren die wichtigsten Nutzpflanzen, die auf den Plantagen rund um das Brackwassersumpfland des Cooper River von der frühen Kolonialzeit bis zum Ende des Bürgerkriegs angebaut wurden. Zu den ehemaligen Plantagen entlang des Flusses gehören Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby und Mepkin, das heute als Mepkin Abbey, ein Trappistenkloster, betrieben wird. Viele dieser und anderer Bauwerke tragen zum Cooper River Historic District bei, einem nationalen historischen Bezirk, der Gebiete entlang beider Flussarme umfasst. Neben dem Botanischen Garten der Mepkin Abbey befinden sich in der Nähe auch die Cypress Gardens und der Old Santee Canal Park.
Daniel Island und Drum Island (unbewohnt) liegen direkt am Fluss. Frachtterminals, eine Papierfabrik und der ehemalige Marinestützpunkt Charleston säumen das Ufer. Das Marine- und Schifffahrtsmuseum Patriot’s Point befindet sich an der Flussmündung. Am Patriot’s Point liegen vier Museumsschiffe, vor allem die USS Yorktown, ein Flugzeugträger aus dem Zweiten Weltkrieg.
Goose Creek, ein Nebenfluss des Cooper River, war bis in die späten 1990er Jahre Standort einer U-Boot-Basis der US-Marine. Bis zur Einführung der größeren ballistischen U-Boot-Rakete Trident diente der Stützpunkt als Abfertigungsanlage für Atomwaffen und versorgte die ballistischen U-Boote der Flotte. Da die U-Boote der Ohio-Klasse einen tieferen Tiefgang benötigten, musste die Nuklearwaffenabfertigung an einen anderen Standort verlegt werden.