Cyanat ist ein zweizähniger Ligand, der das Elektronenpaar an das Stickstoffatom oder das Sauerstoffatom oder an beide abgeben kann. Strukturell lassen sich die Isomere durch die Geometrie des Komplexes unterscheiden. Bei N-gebundenen Cyanatkomplexen hat die M-NCO-Einheit manchmal eine lineare Struktur, während bei O-gebundenem Cyanat die M-O-C-Einheit gebogen ist. So hat der Silbercyanatkomplex – eine lineare Struktur, wie die Röntgenkristallographie zeigt. Die Kristallstruktur von Silbercyanat zeigt jedoch Zickzack-Ketten aus Stickstoff- und Silberatomen. Es gibt auch eine Struktur
NCO / \Ni Ni \ / OCN
, in der die Ni-N-C-Gruppe gebogen ist.
Die Infrarotspektroskopie wurde ausgiebig zur Unterscheidung der Isomere eingesetzt. Viele Komplexe von zweiwertigen Metallen sind N-gebunden. Für Komplexe des Typs n-, M = Mo(III), Re(IV) und Re(V) wurde eine O-Bindung vermutet. Der gelbe Komplex Rh(PPh3)3(NCO) und der orangefarbene Komplex Rh(PPh3)3(OCN) sind Bindungsisomere und zeigen Unterschiede in ihren Infrarotspektren, die zur Diagnose herangezogen werden können (PPh3 steht für Triphenylphosphin).
Das Cyanat-Ion kann eine Brücke zwischen zwei Metallatomen bilden, indem es seine beiden Donoratome nutzt. Diese Struktur findet sich zum Beispiel in der Verbindung 2. In dieser Verbindung sind sowohl die Ni-N-C-Einheit als auch die Ni-O-C-Einheit gebogen, auch wenn im ersten Fall die Spende durch das Stickstoffatom erfolgt.