Cheaney jugó de alero en los Hoosiers de la Universidad de Indiana para el entrenador Bob Knight. Fue el primer jugador zurdo de Knight. Cheaney fue conocido como un líder suave durante los cuatro años en Indiana. Durante sus tres últimos años en Indiana, el equipo pasó todas menos dos de las 53 semanas de encuestas en el top 10, y 38 de ellas en el top 5. Los Hoosiers lograron 87-16 (.845) esos años y una marca de 46-8 (.852) en la Conferencia Big Ten. De los cuatro años en que Cheaney jugó, los Hoosiers fueron 105-27 y capturaron dos coronas de la Big Ten (’91 y ’93). Los 105 partidos ganados durante los cuatro años de Cheaney fueron la mayor cantidad de cualquier Hoosier hasta ese momento.
Año de novatoEditar
Cheaney comenzó su carrera con un destello, anotando 20 puntos en la apertura de la temporada de su primer año (el único novato de Indiana en hacerlo). Sin embargo, el equipo de 1989-90 se encontró con una competencia más dura en enero, después de haber ganado sus 10 partidos de preconferencia. Sorprendido por la intensidad del juego dentro de la Big Ten, el joven equipo de los Hoosier se quedó en 8-10 en la conferencia y fue derrotado por California en su primer partido del Torneo de la NCAA. Cheaney promedió 17 puntos por partido como estudiante de primer año.
«Nuestro año de primer año fue muy, muy mediocre», dijo Cheaney. «Empezamos de forma excelente y cuando entramos en la Big Ten nos encontramos con un duro despertar. Sabía que una vez que terminara esa temporada y empezáramos a entrenar durante el verano, íbamos a convertirnos en un equipo bastante bueno. Sabía que íbamos a ser un equipo a tener en cuenta en los tres años siguientes».
Año de segundo añoEditar
Cheaney promedió 21,6 puntos por partido como estudiante de segundo año, y los Hoosiers terminaron la temporada regular 1990-91 con un récord general de 29-5 y un récord de conferencia de 15-3, terminando primero en la Conferencia Big Ten. Como campeones de la conferencia, los Hoosiers fueron invitados a participar en el Torneo de la NCAA de 1991 como segundos cabezas de serie, donde llegaron a los Dulces Dieciséis. Cheaney señaló: «Tuve un muy buen año de segundo año, pero jugué mucho en el extranjero. Jugué en el equipo del Torneo de América y en el equipo de la Universidad Mundial. Creo que me desgasté un poco, y cuando llegó mi año junior, no estaba a la altura».
Año juniorEditar
Como junior durante la temporada 1991-92, Cheaney sintió que tenía problemas por estar desgastado por un juego sustancial durante el verano. Además, con la incorporación de otros talentos de jugadores como Alan Henderson, Cheaney «no tenía que anotar tanto». Retrocedió a una media de 17,6 puntos por partido y su porcentaje de tiro de tres puntos bajó considerablemente. Los Hoosiers terminaron la temporada regular con un récord general de 27-7 y un récord de conferencia de 14-4, terminando 2º en la Conferencia Big Ten. Los Hoosiers fueron invitados a participar en el Torneo de la NCAA de 1992 como 2º cabeza de serie, donde llegaron a la Final Four, pero cayeron ante Duke en un partido plagado de faltas en Minneapolis.
En la final de la West Regional mientras se preparaban para enfrentarse a UCLA en Albuquerque, justo antes de que terminara el entrenamiento, el entrenador Bobby Knight pasó el látigo por el trasero de Cheaney mientras éste, el máximo anotador del equipo, estaba agachado, con los pantalones ligeramente bajados. El jueves, los dos periódicos de Albuquerque publicaron fotografías del incidente. Cheaney parecía reírse en una de las fotos.
Año seniorEditar
Como senior durante la temporada 1992-93, Cheaney promedió 22,4 puntos por partido y 6,2 rebotes por partido. Los Hoosiers terminaron la temporada regular con un récord general de 31-4 y un récord de conferencia de 17-1, terminando primero en la Conferencia Big Ten. Como campeones de la Conferencia Big Ten, los Hoosiers fueron invitados a participar en el Torneo de la NCAA de 1993 como cabeza de serie, donde llegaron a la Elite Eight por segundo año consecutivo, pero fueron derrotados por Kansas.
A lo largo de su carrera en Indiana, Cheaney anotó 30 o más puntos trece veces y promedió 19,8 puntos por partido, con un máximo de 22,4 como senior. Con 2.613 puntos en su carrera, es el máximo anotador de todos los tiempos tanto de Indiana como de la Big Ten. Al final de su carrera universitaria, Cheaney había conseguido prácticamente todos los honores de postemporada disponibles. Fue el Jugador Nacional del Año (ganando tanto el premio Wooden como el Naismith), un All-American unánime, y el Jugador del Año de la Big Ten.