Cooper-joki on pääosin vuorovesijoki Yhdysvaltain Etelä-Carolinan osavaltiossa. Joen varrella sijaitsevat Mt. Pleasantin, Charlestonin, North Charlestonin, Goose Creekin, Moncks Cornerin ja Hanahanin kaupungit. Lyhyt ja leveä joki yhtyy ensin mustavesiiseen East Branchiin ja sitten kauempana alajuoksulla vuorovesipohjaiseen Wando-jokeen. Lähes välittömästi sen jälkeen Cooper-joki laajenee suistoonsa ja yhdistyy Ashley-jokeen muodostaen Charlestonin sataman.
Pitkään merkittävänä kaupallisena vesireittinä käytetty Cooper-joen länsihaara yhdistettiin alun perin 1700-luvun lopulla rakennetulla Santee-kanavalla Santee-jokeen sen laivaväylän pään lähellä. Vaikka West Branch nousee edelleen mustavesisuona Berkeleyn piirikunnan keskiosassa, sen pääuoma on siirretty saumattomasti Moultrie-järveen 1940-luvun Vintage Tail Race -kanavalla. Moultrie-järveä puolestaan ruokkii Marion-järvestä samoihin aikoihin rakennettu kanava. Tämä Cooper-joen altaan keinotekoinen uudelleenreititys on olennaisesti yhdistänyt Santee- ja Cooper-joet yhdeksi hydrologiseksi valuma-alueeksi.
Joki on nimetty Anthony Ashley Cooperin mukaan, joka oli Shaftesburyn 1. jaarli ja Karoliinan siirtokunnan pääomistaja. Charleston perustettiin Ashley-joen länsirannalle vuonna 1670 (Charles Towne Landingiin), minkä jälkeen se siirrettiin sen toiselle puolelle nykyiselle niemimaalleen kymmenen vuotta myöhemmin.
Riisi ja indigo olivat ensisijaisia perushyödykekasveja, joita viljeltiin Cooper-joen murtovesipitoisia suoalueita ympäröivillä plantaaseilla varhaiselta siirtomaa-ajalta sisällissodan loppuun saakka. Joen varrella sijaitseviin entisiin plantaaseihin kuuluvat Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby ja Mepkin, joka toimii nykyään Mepkin Abbey -nimisenä trappistiluostarina. Monet näistä ja muista rakenteista kuuluvat Cooper River Historic District -alueeseen, joka on kansallinen historiallinen alue, joka käsittää alueita joen molempien haarojen varrella. Mepkin Abbeyn kasvitieteellisen puutarhan lisäksi läheisiin nähtävyyksiin kuuluvat Cypress Gardens ja Old Santee Canal Park.
Daniel Island ja Drum Island (asumaton) ovat joen vieressä. Sen rantaa reunustavat rahtiterminaalit, paperitehdas ja Charlestonin entinen laivastotukikohta. Patriot’s Pointin laivasto- ja merimuseo sijaitsee joen suulla. Patriot’s Pointissa on neljä museoalusta, joista merkittävin on USS Yorktown, toisen maailmansodan aikainen lentotukialus.
Goose Creek, Cooper-joen sivujoki, oli Yhdysvaltain laivaston sukellusveneiden tukikohta 1990-luvun loppuun asti. Se toimi ydinaseiden käsittelylaitoksena, joka palveli laivaston ballistisia sukellusveneitä, kunnes käyttöön tuli suurempi Trident-sukellusveneestä laukaistava ballistinen ohjus. Koska Ohio-luokan sukellusveneet vaativat syvemmän syväyksen, ydinaseiden käsittely oli siirrettävä toiseen laitokseen.