Syanaatti on ambidentaatti-ligandi, joka voi luovuttaa elektroniparin typpi- tai happiatomille tai molemmille. Rakenteellisesti isomeerit voidaan erottaa toisistaan kompleksin geometrian perusteella. N-sidoksissa syanaattikomplekseissa M-NCO-yksiköllä on joskus lineaarinen rakenne, mutta O-sidoksissa M-O-C-yksikkö on taivutettu. Hopeasyanaattikompleksilla, -, on siis lineaarinen rakenne, kuten röntgenkristallografia osoittaa. Hopeasyanaatin kiderakenteessa näkyy kuitenkin typpiatomien ja hopea-atomien siksak-ketjuja. On olemassa myös rakenne
NCO / \Ni Ni \ / OCN
, jossa Ni-N-C-ryhmä on taipunut.
Infrapunaspektroskopiaa on käytetty laajasti isomeerien erottamiseen toisistaan. Monet kaksiarvoisten metallien kompleksit ovat N-sidoksisia. O-sitoutumista on ehdotettu n-, M = Mo(III), Re(IV) ja Re(V) -tyyppisille komplekseille. Keltainen kompleksi Rh(PPh3)3(NCO) ja oranssi kompleksi Rh(PPh3)3(OCN) ovat sidosisomeerejä, ja niiden infrapunaspektreissä on eroja, joita voidaan käyttää diagnostiikassa (PPh3 tarkoittaa trifenyylifosfiinia).
Syanaatti-ioni voi siltautua kahden metalliatomin väliin käyttämällä molempia luovuttajaatomejaan. Tämä rakenne esiintyy esimerkiksi yhdisteessä 2. Tässä yhdisteessä sekä Ni-N-C-yksikkö että Ni-O-C-yksikkö taipuvat, vaikka ensimmäisessä tapauksessa luovutus tapahtuu typpiatomin kautta.