Les cosmides sont principalement des plasmides avec un oriV bactérien, un marqueur de sélection antibiotique et un site de clonage, mais ils portent un, ou plus récemment deux, sites cos dérivés du bactériophage lambda. En fonction de l’objectif particulier de l’expérience, des cosmides à large gamme d’hôtes, des cosmides navettes ou des cosmides « mammifères » (liés à l’oriV du SV40 et à des marqueurs de sélection mammaliens) sont disponibles. La capacité de chargement des cosmides varie en fonction de la taille du vecteur lui-même mais se situe généralement autour de 40-45 kb. La procédure de clonage implique la génération de deux bras de vecteur qui sont ensuite reliés à l’ADN étranger. La sélection contre l’ADN cosmide de type sauvage se fait simplement par exclusion de taille. Les cosmides forment donc toujours des colonies et non des plaques. De plus, la densité des clones est beaucoup plus faible, avec environ 105 à 106 UFC par µg d’ADN ligaturé.
Après la construction de bibliothèques lambda ou cosmides recombinantes, l’ADN total est transféré dans un hôte E. coli approprié par une technique appelée conditionnement in vitro. Les extraits d’empaquetage nécessaires sont dérivés des lysogènes E. coli cI857 (respectivement rouge- gam- Sam et Dam (assemblage de tête) et Eam (assemblage de queue)). Ces extraits reconnaîtront et encapsuleront les molécules recombinantes in vitro, générant soit des particules de phages matures (vecteurs basés sur lambda), soit des plasmides recombinants contenus dans des enveloppes de phages (cosmides). Ces différences se reflètent dans les différentes fréquences d’infection observées en faveur des vecteurs de remplacement lambda. Cela compense leur capacité de chargement légèrement inférieure. Les bibliothèques de phages sont également stockées et criblées plus facilement que les bibliothèques de cosmides.
ADN cible : l’ADN génomique à cloner doit être coupé en fragments de restriction de taille appropriée. Cela se fait généralement par une restriction partielle suivie soit d’un fractionnement par taille, soit d’une déphosphorylation (à l’aide de la phosphatase de l’intestin de veau) pour éviter le brouillage chromosomique, c’est-à-dire la ligature de fragments non liés physiquement.