Mark Edward Nero de About.com a déclaré que « Daddy » a probablement été écrite spécifiquement pour l’album de la bande originale de Daddy’s Little Girls et qu’elle pourrait même « jouer un rôle dans une scène charnière. » Faisant référence à la relation de longue date de Beyoncé avec Jay-Z, puis aux récentes rumeurs sur leur possible mariage, Nero a ajouté que la chanson pourrait laisser de nombreux fans s’interroger sur la suite des événements. Marc Anthony Neal du webzine international PopMatters considère que « Daddy » est « la chanson la plus touchante de Dangerously in Love ». Il a poursuivi en écrivant que la chanson est un extraordinaire hommage à son père Mathew Knowles, déclarant que Beyoncé « embrasse l’homme qui l’a aidée à faire le genre de saut artistique que représente Dangerously in Love. » Il termine en ajoutant que « Lorsque les auditeurs arriveront à la quinzième et dernière piste, ils auront été si agréablement surpris et impressionnés par la performance de Beyoncé tout au long de l’album, que ‘Daddy’ semblera moins ringard », mais c’est dans cette chanson qu’elle accepte enfin d’être une femme, plutôt qu’une fille. Erika Ramirez du magazine Billboard a décrit la chanson comme une ode dédiée à l’homme qui lui a « inculqué la persévérance ».
Anthony DeCurtis de Rolling Stone a commenté que l’album, qui commence avec « chaudron d’énergie » sur « Crazy in Love » (2003), se termine par contraste avec « Daddy » qu’il a décrit comme un hommage de cinq minutes à son manager-père, et considéré comme « une anthologie de clichés vocaux et lyriques. » MTV News a écrit que « Daddy » est différente des autres chansons de relation sur Dangerously in Love, et a ajouté qu’elle a un message puissant. En revanche, Allison Stewart du Washington Post et Kelefa Sanneh du New York Times ont tous deux qualifié « Daddy » de « piste bonus effrayante ». De même, Spence D., écrivant pour IGN Music, a déclaré que « Daddy » ne vaut pas vraiment la peine d’être découvert, car il s’agit d’une « interprétation contempo R&B conforme aux règles », et il a commenté qu' »il y a quelque chose d’étrangement sinistre dans le fait qu’une femme séduisante comme Beyoncé chantonne les mots ‘Je veux que mon mari soit comme mon papa' ». Mike Wass du site Idolator a qualifié la chanson de l’un des « ratés » de l’album et a ajouté qu’il s’agissait d’une « ode mieux oubliée au père de la superstar, complète avec des paroles à vous retourner l’estomac comme ‘Je veux que mon mari soit comme mon papa' ». En 2014, Louis Virtel du site HitFix a fait une critique négative de la chanson, la qualifiant de pire sur Dangerously in Love et décrivant ses paroles comme « sérieusement simplistes ». « Daddy » a atteint la 26e place du classement Billboard Hot RingMasters aux États-Unis en 2014.