A cianát egy ambidentát ligandum, amely a nitrogénatomon vagy az oxigénatomon, vagy mindkettőn adhat elektronpárt. Szerkezetileg az izomereket a komplex geometriája alapján lehet megkülönböztetni. Az N-kötésű cianátkomplexekben az M-NCO egység néha lineáris szerkezetű, de az O-kötésű cianát esetében az M-O-C egység hajlított. Így az ezüst-cianát-komplex, -, a röntgenkristallográfiával kimutatott lineáris szerkezetű. Az ezüst-cianát kristályszerkezete azonban a nitrogénatomok és az ezüstatomok cikk-cakkos láncát mutatja. Létezik olyan szerkezet
NCO / \Ni Ni \ / OCN
is, amelyben a Ni-N-C csoport hajlított.
Az infravörös spektroszkópiát széles körben használták az izomerek megkülönböztetésére. A kétértékű fémek számos komplexe N-kötésű. Az n-, M = Mo(III), Re(IV) és Re(V) típusú komplexeknél O-kötést feltételeztek. A sárga Rh(PPh3)3(NCO) és a narancssárga Rh(PPh3)3(OCN) komplex kötésizomerek, és infravörös spektrumukban különbséget mutatnak, ami felhasználható a diagnosztikában (a PPh3 a trifenilfoszfin rövidítése).
A cianátion mindkét donoratomjának felhasználásával képes hidat képezni két fématom között. Például ez a szerkezet található a 2. vegyületben. Ebben a vegyületben mind a Ni-N-C egység, mind a Ni-O-C egység meghajlik, bár az első esetben a donáció a nitrogénatomon keresztül történik.