A Cooper folyó egy főként árapályos folyó az Egyesült Államokban, Dél-Karolina államban. A folyó mentén található Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner és Hanahan városok. A rövid és széles folyóhoz először a fekete vizű East Branch, majd lejjebb az árapályos Wando folyó csatlakozik. Szinte közvetlenül utána a Cooper folyó kiszélesedik a torkolatába, és egyesül az Ashley folyóval, hogy megalkossa a charlestoni kikötőt.
A Cooper folyó nyugati ágát, melyet sokáig fontos kereskedelmi vízi útként használtak, eredetileg a Santee folyóval kötötte össze a Santee csatorna, melyet a 18. század végén építettek a Santee folyó hajózási fejének közelében. Bár a West Branch még mindig fekete vízi mocsárként emelkedik Berkeley megye középső részén, fő forrásvidéke az 1940-es években épült Vintage Tail Race Canal révén zökkenőmentesen a Moultrie-tóhoz került. A Moultrie-tó viszont a Marion-tóból táplálkozik egy ugyanebben az időszakban épült elterelőcsatornán keresztül. A Cooper folyó medencéjének ez a mesterséges átirányítása lényegében egyetlen hidrológiai vízgyűjtő egységgé egyesítette a Santee és a Cooper folyó rendszerét.
A folyót Anthony Ashley Cooperről, Shaftesbury 1. grófjáról és a Carolina kolónia fő lordproprietoráról nevezték el. Charlestont 1670-ben alapították az Ashley folyó nyugati partján (Charles Towne Landingnél), majd tíz évvel később átköltöztették a jelenlegi félszigetre.
A Cooper folyó mocsaras lápvidékét körülvevő ültetvényeken a korai gyarmati időszaktól a polgárháború végéig elsősorban rizst és indigót termesztettek. A folyó menti egykori ültetvények közé tartozik Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby és Mepkin, amely ma Mepkin apátságként, trappista kolostorként működik. Ezek és más építmények közül sokan hozzájárulnak a Cooper River Historic Districthez, egy nemzeti történelmi körzethez, amely a folyó mindkét ága mentén fekvő területeket foglalja magában. A Mepkin Abbey botanikus kertje mellett a közeli látnivalók közé tartozik a Cypress Gardens és az Old Santee Canal Park.
A folyó mellett található a Daniel Island és a Drum Island (lakatlan). Teherterminálok, egy papírgyár és az egykori charlestoni haditengerészeti bázis szegélyezi a partját. A Patriot’s Point haditengerészeti és tengerészeti múzeum a folyó torkolatánál található. A Patriot’s Pointban négy múzeumhajó van kikötve, köztük a USS Yorktown, egy második világháborús repülőgép-hordozó.
A Cooper folyó mellékfolyója, a Goose Creek az 1990-es évek végéig az amerikai haditengerészet tengeralattjáró-bázisának volt a helyszíne. A flotta ballisztikus tengeralattjáróit kiszolgáló nukleáris fegyverkezelő létesítményként működött a nagyobb méretű Trident tengeralattjáróról indítható ballisztikus rakéta megjelenéséig. Mivel az Ohio-osztályú tengeralattjárók mélyebb merülést igényeltek, a nukleáris fegyverek kezelését át kellett helyezni egy másik létesítménybe.