Fórum:Chickenosaurus

Itt Jack Horner Chickenosaurus projektjét fogjuk megvitatni. Tudnunk kell, milyen módosításokra lesz szükség ahhoz, hogy a csirkének visszaadjuk a fogait, a farkát stb. Megvitatjuk a projekttel kapcsolatos kritikákat is.

Kérünk minden állításhoz és idézethez forrást megadni.

Az ezen a fórumon elért eredményeket be kell építeni a Csirkeszaurusz cikkbe.

Farok

Az ősi madaraknak, mint például az Archaeopteryxnek, hosszú hüllőszerű farka volt. A modern madaraknak még mindig van csökevényes farka. Horner projektjének fő célja azon gén(ek) azonosítása, amelyek a farok fejlődésének gátlását okozzák az embrionális stádiumban. E gének kifejeződési mintázatának megváltoztatásával hosszú dinoszauruszfarkú csirkéket lehetne tenyészteni.

Az ötlet számos tudós kritikáját váltotta ki. Sean Carroll fejlődésbiológus rovarok fejlődésével kísérletezett, és ezek a kísérletek általában elpusztították őket.

Kéz és karom

Azt hiszem, hogy egy Dryosaurushoz vagy Hypsilophodonhoz nagyon hasonló állatot létrehozni elég könnyű lesz ezzel a módszerrel, mivel a csirkének már van ornithischiai csípőszerkezete. Jurassic Park kincstár (beszélgetés) 2014. március 10. 04:56, 04:56, 2014. március 10. (UTC)

Snout

2011-ben egy tudósnak sikerült egy ormányos csirkét létrehoznia. A cikk a New Scientist-en van, így regisztrálni kell az olvasáshoz, de a cikk itt is elolvasható. Meg kell jegyezni, hogy csak a premaxilla összeolvadását kapcsolták ki, bár. Jurassic Park kincstár (talk) 2013. december 4. 22:24, 22:24, 2013. december 4. (UTC)

fogak

Azt hallottam, hogy a csirkéknél a foggén megöli őket, mielőtt kikelnek. Lehet a gént nem halálossá tenni, vagy teljesen ki kell hagyni a fogakat? És kíváncsi vagyok a szabályozó fehérjékre és szekvenciákra. Az NCBI-nál vannak? Jurassic Park kincstár (beszélgetés) 2013. április 10. 06:15, 06:15, 2013. április 10. (UTC)

A madarak nyilvánvalóan nem tudnak zománcos, funkcionális fogakat kifejleszteni. Az embriókban kifejlődött fogak csupán használhatatlan fogbimbók. De még ha a fogzománc gének a csirkékben el is tűntek, vagy pszeudogénekké váltak, lehetséges lenne újra működőképessé tenni a pszeudogéneket? Jurassic Park kincstár (talk) 2013. április 15. 01:56, 2013. április 15. (UTC)

Itt van egy DNS-szekvencia a csirkében, ami valaha funkcionális zománcél volt. Idővel pszeudogénné vált. De ha kiderítenénk, hogy mitől vált nem funkcionálissá, akkor esetleg vissza lehetne csinálni a pontmutációkat és újra funkcionális génné alakítani? Jurassic Park kincstár (talk) 2013. április 16. 06:02, 06:02, 2013. április 16. (UTC)

Most hasonlítottam össze a csirke zománcot a krokodil zománcot a Clustal Omegával. Kiderült, hogy a csirkezománcban sok a hézag. Emellett elég sok eltérés is van benne, így szerintem szintén rengeteg pontmutációt kell majd kimutatni. Jurassic Park Kincstár (talk) 2013. április 16. 06:15, 2013. április 16. (UTC)

Ha a csirkében lévő zománcél pszeudogént összehasonlítanánk a funkcionális krokodil vagy aligátor génekkel, lehetséges lenne kimutatni azokat a mutációkat, amelyek a gént nem funkcionálissá tették, és visszafejteni a funkcionális ősi állapotba? És ha igen, meg lehetne-e ezt tenni az AMEL génnel is? Ahhoz, hogy a csirkeszaurusz egy nem őslény dinoszaurusz legyen, szerintem karommal ellátott karokkal, hosszú farokkal ÉS funkcionális fogakkal kell rendelkeznie. Az ornithomimidák az egyetlen kivétel. Jurassic Park kincstár (talk) 2013. május 20. 06:41, 2013. május 20. (UTC)

Megcsináltam egy kis kutatást. Még ha lenne is néhány funkcionális zománcgén, akkor is meg kellene találni a módját, hogy a gének kifejeződjenek. Az egyetlen ismert dolog, ami lehetővé teszi a csirkék fogbimbóinak kialakulását, az a talpid2, ami halálos, mert nem csak a fogak kialakulását teszi lehetővé, hanem a szervrendszereket is elcseszi.

Meg kell találnunk a módját annak, hogy a talpid2 úgy fejeződjön ki az állkapocsban, hogy ne befolyásolja a test más részeit. Jurassic Park kincstár (talk) 2014. március 25. 03:06, 03:06, 2014. március 25. (UTC)

Mi lenne, ha a megfelelő időben zománcot vagy talpid2-t fecskendeznénk a fogbimbókba? Nem tudod, hogy próbálta-e már valaki? BastionMonk (talk) 2014. június 3. 13:17, 13:17, 2014. június 3. (UTC)

Hát, mostanra rájöttem, hogy sok zománc nélküli fajnak nem működő zománcgénjei vannak, részben a megmaradt zománcpszeudogénekben lévő stopkódonok miatt. A stop kodonok lehetnek TGA, TAA vagy TAG. A csirke zománcél pszeudogén szekvenciája megtalálható a GenBankban, ezért most megpróbálom megtalálni benne az összes stop kodont. Ezután eltávolíthatjuk őket.

Azért azonban, hogy a szekvencia normális részeit ne keverjük össze a stopkódonokkal, nem számolom a TGA, TAA vagy TAG szekvenciákat a tíz nukleotidos szakaszok végén, amelyeket a GenBank szekvenciái formátumban mutatnak be.

Ez például stopkódonnak számítana a keresésemben: TAGgtcagg

Ez viszont nem: gtacaggTAG

Ez jó módszer lenne arra, hogy a normál kodonokat ne tévesszük össze a stop kodonokkal? Ha ez sikerül, akkor szerintem potenciálisan létrehozhatnánk egy funkcionális zománcgént a chickenosaurus számára. Jurassic Park Kincstár (talk) 2014. június 3. 08:26, 08:26, 2014. június 3. (UTC)

A stop kodonnak nem a jobb oldalon kellene lennie? BastionMonk (talk) 2014. június 3. 13:17, 13:17, 2014. június 3. (UTC) A zománcgént a krokodilokkal hasonlítottam össze. A hasonlóságok NAGYON csekélyek voltak. Megnéztem Sire et al. cikkét. Ők sem találtak jó találatot, amikor a krokodil ENAM gén nagyon konzervált exonjait hasonlították össze a teljes 4-es csirke kromoszómával. Találtak némi hasonlóságot azzal a “speudogén” régióval, de nem elégedettek vele. Úgy gondolják, hogy az ENAM és az AMBN génjei valószínűleg eltűntek a madárgenomból. A 4-es kromoszóma átrendeződött közvetlenül a madarak utolsó közös őse előtt. Az átrendeződés során az ENAM régiót a kromoszóma szélére cserélték. Lehet, hogy ez a “speudogén” régió tartalmazza a gén néhány frakcióját, lehet, hogy nem. Azonban nem nézték meg egyetlen patkányfaj genomját sem. Szóval lehet, hogy… Gyorsan megnéztem még egyszer Griffin et al. cikkét, The evolution of the avian genome as revealed by comparative molecular cytogenetics. Különböző madarak és teknősök kromoszómáit hasonlítják össze kromoszóma-“festés” alapján. Valóban megjegyzik, hogy a csirkéknél a 4. kromoszómán átrendeződések és más kromoszómákkal való fúziók történtek. A 4-es kromoszóma azonban változatlanul megmaradt a rénszarvasban, az emuban, a tőkés récében, a muskátliban, a kaliforniai fürjben, a pulykában, a fácánban stb. Ha ez igaz, akkor csak meg kell várnunk, amíg valamelyik madarat teljesen szekvenálják, és megnézzük, hogy milyenek a fogak génjei. BastionMonk (talk) 2014. június 3. 13:59, 13:59, 2014. június 3. (UTC) Ezek közül szerintem a tőkés réce és a pulyka genomját már szekvenálták. Viszont az ENAM gént nem találom egyik adatbázisban sem. Az emu és a strucc viszont jó jelöltnek hangzik. Történetesen olyan városban élek, ahol van egy jó egyetem, szóval talán megkérdezhetnék egy genetikus vagy evolúcióbiológust, hogy érdekli-e őket, hogy kiderítsék, a futómadarak megtartották-e még a fogak génjeit. Jurassic Park kincstár (talk) 2014. június 3. 21:13, 21:13, 2014. június 3. (UTC) Ez egy nagyon speciális téma. Ne hidd, hogy egy random genetikus ezt tudja. Kíváncsi vagyok, hogy Jack Horner hogyan akarja kezelni ezt a problémát. A krokodil ENAM génjét BLASToltam a teljes Avian adatbázissal. Nem kaptam semmi jó eredményt. Tehát azt hiszem, hogy a 4. kromoszóma régiója nincs eléggé szekvenálva az archoszauruszoknál. BastionMonk (talk) 2014. június 4. 07:04, 07:04, 2014. június 4. (UTC)

Problémák

Egy kritikus ezt mondta: “Láttam már Dr. Horner erről szóló TED előadását – több okból sem tetszik. Ezek közül az okok közül a legfontosabb, hogy a dinoszauruszok csirkéből való visszafejtésének ötlete a tényleges tudomány durva félreértelmezése. Az evo-devo az élőlények evolúciós kapcsolatait tanulmányozza. Összetett és valóban zseniális kísérletekkel a kutatók kezdik feltárni egy szervezet “felépítésének” irányait, és azt, hogy ezek az irányok hogyan fejlődtek ki, hogy létrehozzák a körülöttünk látható életet. Gyakran érdeklődnek az ősi tulajdonságokat kódoló gének és génkombinációk iránt, ez azonban nem a dinoszauruszok újjáépítésének módját kutatja. Ehelyett az evo-devo inkább azt keresi, hogyan/miért fejlődnek ki összetett vonalak egyik állapotból a másikba.”

Ha ez így van, akkor gyanítom, hogy Horner nem egészen érti az egész evo-devo dolgot. Egy másik kritikus arra is rámutatott, hogy Horner mintha azt a lejáratott elképzelést követné, miszerint “az ontogenezis követi a filogenezist”. Jurassic Park Kincstár (talk) 2013. december 4. 06:03, 2013. december 4. (UTC)

Ez olyan, mintha azt mondanánk, hogy a mikrobiológia a sejtmechanizmusok működésének tanulmányozása, nem pedig új gyógyszerek keresése. És ezért az, hogy a mikrobiológia segítségével próbálnak új gyógyszert létrehozni, “a tényleges tudomány durva félreértelmezése”. Ha Horner soo tévedett volna, akkor soha nem publikálhatta volna a tervét a NewScientistben. “Az ontogenezis követi a filogenezist”. Igaz, hogy a fejlődés NEM 100%-ban megismétli az evolúciót. Azonban ez semmiképpen sem diszkreditált. Az embrionális fejlődést még mindig használják a filogenisták és az evolúcióbiológusok. Minden evolúcióról szóló tankönyvben szerepel. Például: Freeman S.,Herron J.C. (2004) Evolutionary Analysis (3th Ed.). 51., 52. oldal.

BastionMonk (talk) 2013. december 4. 11:43, 2013. december 4. (UTC)

Dinoszaurusz, vagy fura csirke?

A projekt számos kritikusa azt állítja, hogy a csirkeszaurusz nem egy igazi nem őslény dinoszaurusz lenne, hanem csupán egy madár farokkal és karokkal. Az atavizmusok nem változtatják meg egy szervezet faját. Ha látunk egy miniatűr lovat, amely plusz lábujjakkal születik, akkor azt Eohippusnak nevezzük? Jurassic Park kincstár (talk) 00:32, 2013. október 22., 00:32, 2013 (UTC)

Jelenleg nincsenek szabályok arra vonatkozóan, hogy a mesterséges állatok hova tartoznak a rendszertani fán. Craig Venter a módosított Mycoplasma bacterumát Mycoplasma laboratoriumnak nevezte el. Tehát a módosítás valóban megváltoztatta a faját. Egy modern ló lábujjakkal nem Eohippus, mert akkor szinte MINDEN olyan tulajdonságra szüksége lenne, amivel az Eohippus rendelkezik. Viszont ha van egyetlen ló lábujjakkal, akkor a legtöbb taxonómus csak abberációval rendelkező lónak fogja nevezni. Ha azonban van egy egész csordányi ilyen állatod, akkor valószínűleg új nevet adnak neki, mivel minden Equusnak nincsenek lábujjai. A rendszertani nevek inkább az ember által kitalált, mintsem felfedezett elnevezések. Szóval, mi lenne a csirkeszaurusz? Nos, ha csak egy állatról van szó, a legtöbb ember egyszerűen csirkének fogja hívni, néhány rövidítéssel. Ha azonban van egy szaporodó nyája ezeknek az élőlényeknek, akkor valószínűleg új nevet adnak neki. A csirkéknek nincsenek fogaik, nincs farkuk és nincsenek karmaik. Ráadásul a ma élő madarak egyetlen kládja sem rendelkezik ezekkel a tulajdonságokkal. Tehát a taxonómusnak vagy ki kell találnia egy új kládot, vagy egy már létező kládba kell őket sorolnia (ami a nem őslény dinoszauruszok csoportjába tartozhat). BastionMonk (talk) 20:27, 2013. október 22., 20:27, 2013 (UTC)

Szaporodás

Horner azt mondta, hogy ha egy chickenosaurus párosodna egy másik chickenosaurusszal, akkor csirkét hozna létre, mivel maguk a gének nem változtak. Igaz ez az állítás? Jurassic Park kincstár (talk) 2014. március 6. 02:15, 02:15, 2014. március 6. (UTC)

A könyvben azt mondta, hogy nem fogja megváltoztatni a csirkék DNS-ét. Horner egy csomó csövet akar a fejlődő csirkeembrióba dugni. A fejlődés megfelelő szakaszaiban hormonok és transzkripciós faktorok kerülnek majd az embrióba. Ha ez a megfelelő módon történik, akkor a csirkeembrióból csirkeszaurusz fog kifejlődni. Hornernek és csapatának megalapozott találgatásokkal és próbálkozásokkal kell majd felfedeznie a megfelelő módszert. Ez könnyebben megy a hormonszintek kézi manipulálásával, mint a hormonok szabályozó szekvenciáinak módosításával. Ez azért is kíméletesebb, mert a csirkeszaurusz nem tudna szaporodni, ha kiszabadulna a vadonba. De nem kell aggódni. Ha a csirkeszauruszt sikeresen megalkották, lehetséges a DNS-ét úgy megváltoztatni, hogy a csirkeszaurusz-fenotípus is kódolva legyen a genomjában. De ez már egy projekt lenne. BastionMonk (talk) 2014. március 6. 09:58, 09:58, 2014. március 6. (UTC)