A kozmidok túlnyomórészt plazmidok, amelyek egy bakteriális oriV-vel, egy antibiotikum-szelekciós markerrel és egy klónozási hellyel rendelkeznek, de hordoznak egy, vagy újabban két, a bakteriofág lambdából származó cos helyet. A kísérlet konkrét céljától függően széles gazdasávú kozmidok, shuttle kozmidok vagy “emlős” kozmidok (SV40 oriV-vel és emlős szelekciós markerekkel összekapcsolva) állnak rendelkezésre. A kozmidok terhelhetősége a vektor méretétől függően változik, de általában 40-45 kb körül van. A klónozási eljárás két vektorkar létrehozását foglalja magában, amelyeket aztán az idegen DNS-hez kapcsolnak. A vad típusú kozmid DNS-sel szembeni szelekció egyszerűen méretkizárás útján történik. A kozmidok ezért mindig kolóniákat és nem plakkokat képeznek. A klónsűrűség is sokkal kisebb, kb. 105 – 106 CFU per µg ligált DNS.
A rekombináns lambda vagy kozmid könyvtárak létrehozását követően a teljes DNS-t egy in vitro csomagolásnak nevezett technikával megfelelő E. coli gazdaszervezetbe juttatják. A szükséges csomagolási kivonatok E. coli cI857 lizogénekből (red- gam- Sam és Dam (fej-összeszerelés), illetve Eam (farok-összeszerelés)) származnak. Ezek a kivonatok in vitro felismerik és csomagolják a rekombináns molekulákat, és így vagy érett fágrészecskéket (lambda-alapú vektorok), vagy fághéjban lévő rekombináns plazmidokat (kozmidok) hoznak létre. Ezek a különbségek tükröződnek a lambda-helyettesítő vektorok javára megfigyelt eltérő fertőzési gyakoriságokban. Ez ellensúlyozza a kissé alacsonyabb terhelhetőségüket. A fágkönyvtárak tárolása és szűrése is egyszerűbb, mint a kozmid könyvtáraké.
Cél DNS: a klónozandó genomi DNS-t megfelelő méretű restrikciós fragmentumokra kell vágni. Ezt általában részleges restrikcióval végzik, amelyet vagy méretfrakcionálás vagy defoszforilálás (borjúbél-foszfatázzal) követ, hogy elkerüljék a kromoszóma-összekeveredést, azaz a fizikailag nem kapcsolódó fragmentumok ligációját.