De Cooper River is een hoofdzakelijk getijdenrivier in de Amerikaanse staat South Carolina. De steden Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner, en Hanahan liggen aan de rivier. De rivier is kort en breed en komt eerst samen met de East Branch, een rivier met zwart water, en verder stroomafwaarts met de getijde-rivier de Wando. Vrijwel onmiddellijk daarna wordt de Cooper River breder in zijn monding en verenigt zich met de Ashley River om de Charleston Harbor te vormen.
Lang gebruikt als een belangrijke commerciële waterweg, was de West Branch van de Cooper River aanvankelijk verbonden met de Santee River nabij zijn navigatiehoofd door het Santee Canal, aangelegd aan het einde van de 18e eeuw. Hoewel de West Branch nog steeds als een zwartwatermoeras in centraal Berkeley County ontspringt, is het hoofdwater ervan naadloos verlegd naar Lake Moultrie door het in de jaren 40 aangelegde vintage Tail Race Canal. Lake Moultrie wordt op zijn beurt gevoed vanuit Lake Marion door een omleidingskanaal dat rond dezelfde periode is aangelegd. Door deze kunstmatige omlegging van het stroomgebied van de Cooper River zijn de Santee- en Cooper River-systemen in wezen tot één hydrologische afwateringsentiteit verenigd.
De rivier is genoemd naar Anthony Ashley Cooper, 1e graaf van Shaftesbury en voornaamste landeigenaar van de Carolina Colony. Charleston werd in 1670 gesticht op de westelijke oever van de Ashley River (bij Charles Towne Landing), maar verhuisde tien jaar later naar het huidige schiereiland.
Rijst en indigo waren de voornaamste gewassen die werden verbouwd op de plantages rond het brakke moerasland van de Cooper River vanaf de vroege koloniale tijd tot het einde van de burgeroorlog. Tot de voormalige plantages langs de rivier behoren Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby en Mepkin, dat nu wordt geëxploiteerd als Mepkin Abbey, een trappistenklooster. Veel van deze en andere structuren dragen bij tot het Cooper River Historic District, een nationaal historisch district dat gebieden langs beide takken van de rivier omvat. Naast de botanische tuin van de Mepkin Abbey zijn de Cypress Gardens en het Old Santee Canal Park attracties in de buurt.
Daniel Island en Drum Island (onbewoond) grenzen aan de rivier. Vrachtterminals, een papierfabriek en de voormalige marinebasis Charleston liggen aan de oever. Het Patriot’s Point marine- en scheepvaartmuseum ligt aan de monding van de rivier. Bij Patriot’s Point liggen vier museumschepen, met name USS Yorktown, een vliegdekschip uit de Tweede Wereldoorlog.
Goose Creek, een zijrivier van de Cooper River, was tot het eind van de jaren 1990 de locatie van een onderzeebootbasis van de Amerikaanse marine. Tot de komst van de grotere Trident onderzeeboot-gelanceerde ballistische raket, was het een faciliteit voor de behandeling van kernwapens voor de vloot van ballistische onderzeeboten. Omdat de Ohio-klasse onderzeeërs een grotere diepgang nodig hadden, moest de kernwapenafhandeling naar een andere faciliteit worden verplaatst.