Cosmids zijn overwegend plasmiden met een bacterieel oriV, een antibiotische selectiemerker en een kloneringsplaats, maar zij dragen één, of meer recent twee, van bacteriofaag lambda afgeleide cos sites. Afhankelijk van het specifieke doel van het experiment zijn er breed-gastheerbereik-cosmiden, shuttle-cosmiden of “zoogdier”-cosmiden (gekoppeld aan SV40 oriV en selectiemarkers voor zoogdieren) beschikbaar. De laadcapaciteit van cosmiden varieert naar gelang van de grootte van de vector zelf, maar ligt meestal rond 40-45 kb. De kloneringsprocedure omvat het genereren van twee vectorarmen die vervolgens met het vreemde DNA worden verbonden. Selectie tegen wild-type cosmide DNA gebeurt eenvoudigweg via grootte-exclusie. Cosmiden vormen daarom altijd kolonies en geen plaques. Ook de kloondichtheid is veel lager met ongeveer 105 – 106 CFU per µg geligeerd DNA.
Na de constructie van recombinante lambda- of cosmide-bibliotheken wordt het totale DNA overgebracht in een geschikte E. coli-gastheer via een techniek die in vitro packaging wordt genoemd. De benodigde verpakkingsextracten zijn afkomstig van E. coli cI857 lysogenen (respectievelijk red- gam- Sam en Dam (kop-assemblage) en Eam (staart-assemblage)). Deze extracten zullen de recombinante moleculen in vitro herkennen en verpakken, waarbij ofwel rijpe faagdeeltjes (lambda-gebaseerde vectoren), ofwel recombinante plasmiden in faagschilden (cosmiden) worden gegenereerd. Deze verschillen komen tot uiting in de verschillende infectiefrequenties die worden waargenomen in het voordeel van lambda-vervangende vectoren. Dit compenseert voor hun iets lagere laadcapaciteit. Faagbibliotheken worden ook gemakkelijker opgeslagen en gescreend dan cosmide-bibliotheken.
Doel-DNA: het te kloneren genomische DNA moet in restrictiefragmenten van de juiste grootte worden geknipt. Dit gebeurt meestal door gedeeltelijke restrictie, gevolgd door hetzij groottefractionering, hetzij defosforylering (met behulp van kalfsintestinefosfatase) om chromosoomverstrengeling te voorkomen, d.w.z. de ligatie van fysiek niet-verbonden fragmenten.