Cyanaat is een ambidentaat ligand dat het elektronenpaar kan afstaan op het stikstofatoom of het zuurstofatoom, of op beide. Structureel kunnen de isomeren worden onderscheiden door de geometrie van het complex. Bij N-gebonden cyanaatcomplexen heeft de M-NCO-eenheid soms een lineaire structuur, maar bij O-gebonden cyanaat is de M-O-C-eenheid gebogen. Zo heeft het zilvercyanato complex, -, een lineaire structuur zoals blijkt uit röntgenkristallografie. De kristalstructuur van zilvercyanaat vertoont echter zigzagketens van stikstofatomen en zilveratomen. Er bestaat ook een structuur
NCO / \Ni Ni \ / OCN
waarin de Ni-N-C groep gebogen is.
Infrarood spectroscopie is uitgebreid gebruikt om onderscheid te maken tussen isomeren. Veel complexen van tweewaardige metalen zijn N-bondig. O-binding is gesuggereerd voor complexen van het type n-, M = Mo(III), Re(IV) en Re(V). Het gele complex Rh(PPh3)3(NCO) en het oranje complex Rh(PPh3)3(OCN) zijn bindingsisomeren en vertonen verschillen in hun infraroodspectra die voor de diagnose kunnen worden gebruikt (PPh3 staat voor trifenylfosfine).
Het cyanaation kan een brug slaan tussen twee metaalatomen door zijn beide donoratomen te gebruiken. Deze structuur wordt bijvoorbeeld gevonden in de verbinding 2. In deze verbinding zijn zowel de Ni-N-C eenheid als de Ni-O-C eenheid gebogen, hoewel in het eerste geval de donatie plaatsvindt via het stikstofatoom.