Cosmids são predominantemente plasmídeos com um oriV bacteriano, um marcador de selecção de antibióticos e um local de clonagem, mas transportam um, ou mais recentemente dois, porque os locais derivados da bacteriófago lambda. Dependendo do objectivo particular da experiência, estão disponíveis cosmídios de ampla gama de hospedeiros, cosmídios de vaivém ou cosmídios “mamíferos” (ligados a SV40 oriV e marcadores de selecção de mamíferos). A capacidade de carga dos cosmídios varia dependendo do tamanho do vector em si, mas normalmente situa-se em torno dos 40-45 kb. O procedimento de clonagem envolve a geração de dois braços vetoriais que são então unidos ao DNA estranho. A selecção contra o ADN cósmide de tipo selvagem é feita simplesmente através da exclusão do tamanho. Os cosmídios, portanto, formam sempre colónias e não placas. Também a densidade de clones é muito menor com cerca de 105 – 106 UFC por µg de ADN ligado.
Após a construção de lambda recombinante ou bibliotecas cosmidais o ADN total é transferido para um hospedeiro de E. coli apropriado através de uma técnica chamada embalagem in vitro. Os extratos de embalagem necessários são derivados dos lisógenos E. coli cI857 (red- gam- Sam e Dam (montagem da cabeça) e Eam (montagem da cauda) respectivamente). Estes extractos irão reconhecer e embalar as moléculas recombinantes in vitro, gerando partículas de fago maduras (vectores à base de lambda) ou plasmídeos recombinantes contidos nas conchas de fago (cosmídios). Estas diferenças são refletidas nas diferentes freqüências de infecção vistas em favor dos vetores de substituição lambda. Isto compensa a sua capacidade de carga ligeiramente inferior. As bibliotecas de fagos também são armazenadas e rastreadas mais facilmente do que as bibliotecas cosmidais.
DNA alvo: o DNA genômico a ser clonado tem que ser cortado na faixa de tamanho apropriada de fragmentos de restrição. Isto é normalmente feito por restrição parcial seguida de fracionamento de tamanho ou desfosforilação (utilizando fosfatase califestina) para evitar a quebra de cromossomos, ou seja, a ligação de fragmentos fisicamente não ligados.