O Rio Cooper é um rio principalmente de maré no estado americano da Carolina do Sul. As cidades de Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner, e Hanahan estão localizadas ao longo do rio. Curto e largo, o rio é unido primeiro pelo braço leste de blackwater e depois mais a jusante no rio Wando. Quase imediatamente depois, o rio Cooper alarga-se para o seu estuário e une-se ao rio Ashley para formar o porto de Charleston.
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Longo utilizado como importante via navegável comercial, o braço oeste do rio Cooper foi inicialmente ligado ao rio Santee perto da sua cabeça de navegação pelo Canal Santee, construído no final do século XVIII. Embora a Ramo Oeste ainda se ergue como um pântano de águas negras no condado central de Berkeley, as suas principais cabeceiras foram deslocadas sem problemas para o Lago Moultrie pelo Canal da Corrida da Cauda da década de 1940. O Lago Moultrie, por sua vez, é alimentado a partir do Lago Marion por um canal de desvio construído no mesmo período de tempo. Este desvio artificial da bacia do rio Cooper unificou essencialmente os sistemas de Santee e Cooper River numa única entidade de drenagem hidrológica.
O rio foi nomeado por Anthony Ashley Cooper, 1º Conde de Shaftesbury e principal proprietário da Colónia da Carolina. Charleston foi fundado na margem ocidental do rio Ashley em 1670 (em Charles Towne Landing), antes de se mudar para sua localização peninsular atual dez anos depois.
Arroz e índigo foram os principais produtos cultivados nas plantações ao redor do pântano salobro do rio Cooper desde o início da Colônia até o final dos períodos da Guerra Civil. As antigas plantações ao longo do rio incluem Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby e Mepkin, que agora é operada como Abadia Mepkin, um mosteiro trapista. Muitas destas e outras estruturas contribuem para o Distrito Histórico Cooper River, um distrito histórico nacional que engloba áreas ao longo de ambos os braços do rio. Além do Jardim Botânico da Abadia de Mepkin, as atrações próximas incluem o Cypress Gardens e o Old Santee Canal Park.
Daniel Island e Drum Island (desabitada) são adjacentes ao rio. Terminais de carga, uma fábrica de papel, e a antiga Base Naval de Charleston, sua linha costeira. O museu naval e marítimo Patriot’s Point está localizado na foz do rio. Berthed em Patriot’s Point são quatro navios museu, mais notadamente o USS Yorktown, um porta-aviões da Segunda Guerra Mundial.
Goose Creek, um afluente do Rio Cooper, foi o local de uma base submarina da Marinha dos EUA até o final dos anos 90. Ela operou como uma instalação de manuseio de armas nucleares servindo submarinos balísticos da frota até o advento do maior míssil balístico submarino Trident. Como os submarinos da classe Ohio exigiam um calado mais profundo, o manuseio de armas nucleares teve que se deslocar para outra faclidade.