Cooper River är en flod med huvudsakligen tidvatten i den amerikanska delstaten South Carolina. Städerna Mt Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner och Hanahan ligger längs floden. Floden är kort och bred och förenas först med svartvattenfloden East Branch och sedan längre nedströms med tidvattenfloden Wando River. Nästan omedelbart därefter vidgas Cooper River till sin flodmynning och förenas med Ashley River för att bilda Charleston Harbor.
Den västra grenen av Cooper River, som länge använts som en viktig kommersiell vattenväg, var ursprungligen förknippad med Santee River nära dess navigeringshuvud genom Santee-kanalen som byggdes i slutet av 1700-talet. Även om West Branch fortfarande stiger upp som ett svartvattenträsk i centrala Berkeley County, har dess huvudsakliga källflöde sömlöst förflyttats till Lake Moultrie genom 1940-talets vintage Tail Race Canal. Lake Moultrie matas i sin tur från Lake Marion genom en avledningskanal som byggdes vid samma tidsperiod. Denna konstgjorda omläggning av Cooper River-bäckenet har i huvudsak förenat Santee- och Cooper River-systemen till en enda hydrologisk avrinningsenhet.
Flödet uppkallades efter Anthony Ashley Cooper, 1:a earlen av Shaftesbury och huvudägare av Carolinakolonin. Charleston grundades på den västra stranden av Ashley River 1670 (vid Charles Towne Landing), innan det tio år senare flyttades över till sitt nuvarande läge på halvön.
Ris och indigo var de viktigaste grödorna som odlades på plantagerna kring Cooper River’s bräckta träskmarker från den tidiga koloniala perioden till slutet av inbördeskriget. Bland de tidigare plantagerna längs floden finns Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby och Mepkin, som nu drivs som Mepkin Abbey, ett trappistkloster. Många av dessa och andra strukturer bidrar till Cooper River Historic District, ett nationellt historiskt distrikt som omfattar områden längs båda grenarna av floden. Förutom Mepkin Abbey Botanical Garden finns i närheten bland annat Cypress Gardens och Old Santee Canal Park.
Daniel Island och Drum Island (obebodda) ligger i anslutning till floden. Lastterminaler, ett pappersbruk och den före detta flottbasen Charleston ligger längs stranden. Patriot’s Point naval- och sjöfartsmuseum ligger vid flodens mynning. Vid Patriot’s Point ligger fyra museifartyg, framför allt USS Yorktown, ett hangarfartyg från andra världskriget.
Goose Creek, ett biflöde till Cooper River, var platsen för en ubåtsbas för den amerikanska flottan fram till slutet av 1990-talet. Den fungerade som en anläggning för hantering av kärnvapen som betjänade flottans ballistiska ubåtar fram till införandet av den större ubåtslanserade ballistiska missilen Trident. Eftersom Ohio-klassens ubåtar krävde ett djupare djupgående måste kärnvapenhanteringen flyttas till en annan anläggning.