Cyanat är en ambidentatligand som kan donera elektronpar på kväve- eller syreatomen, eller båda. Strukturellt kan isomererna särskiljas genom komplexets geometri. I N-bundna cyanatkomplex har M-NCO-enheten ibland en linjär struktur, men med O-bunden cyanat är M-O-C-enheten böjd. Silvercyanatokomplexet, -, har således en linjär struktur, vilket framgår av röntgenkristallografi. Kristallstrukturen för silvercyanat visar dock sicksackkedjor av kväveatomer och silveratomer. Det finns också en struktur
NCO / \Ni Ni \ / OCN
i vilken Ni-N-C-gruppen är böjd.
Infraröd spektroskopi har använts flitigt för att skilja mellan isomerer. Många komplex av tvåvärda metaller är N-bundna. O-bindning har föreslagits för komplex av typen n-, M = Mo(III), Re(IV) och Re(V). Det gula komplexet Rh(PPh3)3(NCO) och det orange komplexet Rh(PPh3)3(OCN) är bindningsisomerer och uppvisar skillnader i sina infraröda spektrum som kan användas för diagnostisering (PPh3 står för trifenylfosfin).
Cyanatjonen kan överbrygga mellan två metallatomer genom att använda båda sina donatoratomer. Denna struktur återfinns till exempel i föreningen 2. I denna förening är både Ni-N-C-enheten och Ni-O-C-enheten böjda, även om donationen i det första fallet sker genom kväveatomen.