Den 10 maj 1642 inrättades Kilkenny-konfederationen (även känd som den irländska katolska konfederationen) för att styra Irland. Det skapade en grön flagga med en harpa (bilden nedan), som båda nu är igenkännbara starka symboler för Irland över hela världen i dag. Även om det inte var första gången som den irländska harpan användes på en flagga var det första gången som färgen grön användes.
Konfederationen bestod huvudsakligen av irländska katolska adelsmän, präster och militära ledare från det irländska upproret 1641. Det gjorde Kilkenny till Irlands huvudstad. Konfederationen hade ett parlament som kallades Generalförsamlingen, ett verkställande råd som kallades Högsta rådet och en militär. Den lovade sin trohet till Karl I som var anhängare av den anglikanska kyrkan men gifte sig med en romersk-katolik.
Parlamentet hölls i Parliament House (bilden nedan) på Parliament Street. Där ingången till Market Yard ligger idag. Det gav Parliament Street sitt namn.
Det bildades i efterdyningarna av upproret 1641, både för att kontrollera det folkliga upproret och för att organisera en irländsk-katolsk krigsinsats mot de kvarvarande engelska och skotska arméerna på Irland. Man hoppades att de irländska katolikerna på så sätt skulle kunna hålla tillbaka en engelsk eller skotsk återerövring av landet.