I cosmidi sono prevalentemente plasmidi con un oriV batterico, un marcatore di selezione antibiotica e un sito di clonazione, ma portano uno, o più recentemente due, siti cos derivati dal batteriofago lambda. A seconda dello scopo particolare dell’esperimento, sono disponibili cosmidi ad ampio spettro di ospiti, cosmidi shuttle o cosmidi “mammiferi” (legati a SV40 oriV e marcatori di selezione mammiferi). La capacità di carico dei cosmidi varia a seconda della dimensione del vettore stesso, ma di solito si trova intorno ai 40-45 kb. La procedura di clonazione comporta la generazione di due bracci del vettore che vengono poi uniti al DNA estraneo. La selezione contro il DNA cosmidico di tipo selvaggio è semplicemente fatta tramite esclusione di dimensione. I cosmidi, quindi, formano sempre colonie e non placche. Anche la densità dei cloni è molto più bassa con circa 105 – 106 CFU per µg di DNA legato.
Dopo la costruzione di librerie ricombinanti di lambda o cosmidi, il DNA totale viene trasferito in un appropriato ospite E. coli attraverso una tecnica chiamata packaging in vitro. I necessari estratti di imballaggio sono derivati dai lisogeni di E. coli cI857 (red- gam- Sam e Dam (assemblaggio della testa) e Eam (assemblaggio della coda) rispettivamente). Questi estratti riconosceranno e impacchetteranno le molecole ricombinanti in vitro, generando particelle fagiche mature (vettori basati su lambda) o plasmidi ricombinanti contenuti in gusci fagici (cosmidi). Queste differenze si riflettono nelle diverse frequenze di infezione viste a favore dei vettori a sostituzione di lambda. Questo compensa la loro capacità di carico leggermente inferiore. Le librerie di fagi sono anche conservate e vagliate più facilmente delle librerie di cosmidi.
DNA bersaglio: il DNA genomico da clonare deve essere tagliato in frammenti di restrizione di dimensioni appropriate. Questo viene fatto di solito tramite restrizione parziale seguita da un frazionamento delle dimensioni o dalla defosforilazione (usando la fosfatasi dell’intestino di vitello) per evitare lo scrambling cromosomico, cioè la legatura di frammenti fisicamente non collegati.