Řeka Cooper River je převážně přílivová řeka v americkém státě Jižní Karolína. Podél řeky se rozkládají města Mt. Pleasant, Charleston, North Charleston, Goose Creek, Moncks Corner a Hanahan. Krátká a široká řeka se nejprve spojuje s černovodním východním ramenem a pak dále po proudu s přílivovou řekou Wando. Téměř hned poté se Cooper River rozšiřuje do ústí a spojuje se s řekou Ashley, čímž vzniká Charlestonský přístav.
Západní rameno řeky Cooper River, které bylo dlouho využíváno jako důležitá obchodní vodní cesta, bylo původně spojeno s řekou Santee poblíž jejího plavebního zhlaví kanálem Santee, vybudovaným na konci 18. století. Ačkoli západní rameno stále vyvěrá jako černovodní bažina v centrální části okresu Berkeley, jeho hlavní pramen byl plynule přesunut k jezeru Moultrie kanálem Vintage Tail Race ze 40. let 20. století. Jezero Moultrie je zase napájeno z jezera Marion odváděcím kanálem vybudovaným ve stejném období. Toto umělé přesměrování povodí řeky Cooper v podstatě sjednotilo systémy řek Santee a Cooper do jediného hydrologického povodí.
Řeka byla pojmenována po Anthonym Ashley Cooperovi, 1. hraběti ze Shaftesbury a hlavním lordu-vlastníkovi kolonie Carolina. Charleston byl založen na západním břehu řeky Ashley v roce 1670 (v Charles Towne Landing) a o deset let později se přesunul na druhý břeh na své současné poloostrovní místo.
Rýže a indigo byly hlavními komoditami pěstovanými na plantážích obklopujících slanou bažinatou krajinu řeky Cooper od počátku koloniálního období až do konce občanské války. Mezi bývalé plantáže podél řeky patří Lewisfield, Mulberry, Middleburg, Quinby a Mepkin, který je nyní provozován jako trapistický klášter Mepkin Abbey. Mnohé z těchto a dalších staveb se podílejí na vzniku Cooper River Historic District, národního historického okrsku, který zahrnuje oblasti podél obou ramen řeky. Kromě botanické zahrady Mepkin Abbey patří k nedalekým zajímavostem také Cypress Gardens a Old Santee Canal Park.
K řece přiléhají ostrovy Daniel Island a Drum Island (neobydlený). Její břehy lemují nákladní terminály, papírna a bývalá charlestonská námořní základna. V ústí řeky se nachází námořní a námořní muzeum Patriot’s Point. V Patriot’s Point kotví čtyři muzejní lodě, především USS Yorktown, letadlová loď z druhé světové války.
Goose Creek, přítok řeky Cooper, byl do konce 90. let 20. století místem ponorkové základny amerického námořnictva. Fungovala jako zařízení pro manipulaci s jadernými zbraněmi obsluhující balistické ponorky flotily až do nástupu větší balistické rakety Trident odpalované z ponorek. Protože ponorky třídy Ohio vyžadovaly hlubší ponor, musela se manipulace s jadernými zbraněmi přesunout do jiného zařízení.