Kosmidy jsou převážně plazmidy s bakteriálním oriV, antibiotickým selekčním markerem a klonovacím místem, ale nesou jedno nebo nověji dvě cos místa odvozená z bakteriofága lambda. V závislosti na konkrétním cíli pokusu jsou k dispozici kosmidy s širokým hostitelským spektrem, raketoplánové kosmidy nebo „savčí“ kosmidy (spojené s oriV SV40 a savčími selekčními markery). Nosnost kosmidů se liší v závislosti na velikosti samotného vektoru, ale obvykle se pohybuje kolem 40-45 kb. Postup klonování zahrnuje vytvoření dvou ramen vektoru, která se poté spojí s cizí DNA. Selekce proti divokému typu kosmidové DNA se jednoduše provádí pomocí vyloučení velikosti. Kosmidy proto vždy tvoří kolonie, a ne plaky. Také hustota klonů je mnohem nižší a pohybuje se kolem 105 – 106 CFU na µg ligované DNA.
Po konstrukci rekombinantních knihoven lambda nebo cosmidů se celková DNA přenese do vhodného hostitele E. coli pomocí techniky zvané in vitro packaging. Potřebné extrakty pro balení se získávají z lyzogenů E. coli cI857 (red- gam- Sam a Dam (sestavení hlavy), respektive Eam (sestavení ocasu)). Tyto extrakty rozpoznají a zabalí rekombinantní molekuly in vitro a vytvoří buď zralé fágové částice (vektory na bázi lambda), nebo rekombinantní plazmidy obsažené ve fágových schránkách (kosmidy). Tyto rozdíly se odrážejí v rozdílné frekvenci infekce pozorované ve prospěch vektorů nahrazujících lambdu. Tím se kompenzuje jejich o něco nižší nosnost. Knihovny fágů se také snáze skladují a prověřují než knihovny kosmidů.
Cílová DNA: genomová DNA, která má být klonována, musí být rozřezána na restrikční fragmenty vhodné velikosti. To se obvykle provádí částečnou restrikcí, po níž následuje buď velikostní frakcionace, nebo defosforylace (pomocí telecí fosfatázy), aby se předešlo chromozomovému skramblingu, tj. spojování fyzicky nespojených fragmentů.
.