Kyanatan je ambidentní ligand, který může darovat pár elektronů na atomu dusíku nebo atomu kyslíku, případně na obou. Strukturně lze izomery rozlišit podle geometrie komplexu. U kyanátových komplexů s vazbou N má někdy jednotka M-NCO lineární strukturu, ale u kyanátů s vazbou O je jednotka M-O-C ohnutá. Tak má kyanátový komplex stříbra, -, lineární strukturu, jak ukazuje rentgenová krystalografie. Krystalová struktura kyanatanu stříbrného však vykazuje klikaté řetězce atomů dusíku a atomů stříbra. Existuje také struktura
NCO / \Ni Ni \ / OCN
, ve které je skupina Ni-N-C ohnutá.
K rozlišení izomerů se hojně využívá infračervená spektroskopie. Mnoho komplexů dvojmocných kovů má N-vazbu. U komplexů typu n-, M = Mo(III), Re(IV) a Re(V) byla předpokládána O-vazba. Žlutý komplex Rh(PPh3)3(NCO) a oranžový komplex Rh(PPh3)3(OCN) jsou vazebné izomery a vykazují rozdíly ve svých infračervených spektrech, které lze využít k diagnostice (PPh3 znamená trifenylfosfin).
Kyanátový ion může přemostit dva atomy kovu pomocí obou svých donorských atomů. Tato struktura se nachází například ve sloučenině 2. V této sloučenině je ohýbána jak jednotka Ni-N-C, tak jednotka Ni-O-C, i když v prvním případě je donorství realizováno prostřednictvím atomu dusíku.
.