ChIP-chip er den første og mest enkle af de avancerede ChIP-teknologier (den har også det sjoveste navn at sige). ChIP-chip blev først beskrevet i 2000 (Ren et al., 2000) og kobler kromatin-IP til mikroarray-analyse, hvilket giver mulighed for genom-dækkende analyse af fordelingen af proteiner eller modifikationer af interesse (Aparicio et al., 2004).
Chromatin-IP udføres ved hjælp af et antistof mod et protein eller en proteinmodifikation af interesse. Den resulterende rensede DNA-prøve og inputprøven (DNA før IP) er hver især fluorescerende mærket og co-hybridiseret til et mikroarray. Der kan anvendes et hvilket som helst af de mange kommercielt tilgængelige mikroarrays, hvilket giver forskerne kontrol over den eksperimentelle skala.
En anden stor fordel er omkostningerne: mikroarray-teknologien er nu relativt billig, hvilket gør det muligt at behandle mange prøver. Ulemperne ved ChIP-chip er afledt af de iboende begrænsninger ved mikroarray-teknologien.
Mikroarrays er begrænset i opløsning sammenlignet med sekventering, hvilket kan være meget vigtigt for at lokalisere POI-bindingssteder i genomet. Endvidere har ChIP-chip et højere signal/støjforhold end sekventeringsteknologier, hvilket betyder, at subtile interaktioner går tabt (Ho et al., 2011). ChIP-chip har været medvirkende til at forstå strukturen og funktionen af det menneskelige genom (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Yderligere læsning
Buck, M.J., og Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: overvejelser vedrørende udformning, analyse og anvendelse af genomdækkende kromatinimmunoprecipitationsforsøg. Genomics 83, 349-360.
Denne gennemgang er et af de seminardokumenter, der beskriver ChIP-chip. Forfatterne giver en god intro til teknologien og beskriver på en trinvis FAQ-agtig måde, hvordan ChIP-chip udføres.