ChIP-chip est la première, et la plus simple des technologies avancées de ChIP (elle a aussi le nom le plus amusant à dire). Décrite pour la première fois en 2000 (Ren et al., 2000), la ChIP-chip couple l’IP de la chromatine à l’analyse des microarrays permettant une analyse à l’échelle du génome de la distribution des protéines ou des modifications d’intérêt (Aparicio et al., 2004).
L’IP de la chromatine se fait à l’aide d’un anticorps contre une protéine ou une modification protéique d’intérêt. L’échantillon d’ADN purifié qui en résulte et l’échantillon d’entrée (ADN avant IP) sont chacun marqués par fluorescence et co-hybridés à un microréseau. N’importe laquelle de la variété de microréseaux disponibles dans le commerce peut être utilisée donnant aux chercheurs le contrôle de l’échelle expérimentale.
Un autre avantage majeur est le coût : la technologie des microréseaux est maintenant relativement peu coûteuse, ce qui permet de traiter de nombreux échantillons. Les inconvénients de la puce ChIP proviennent des limites inhérentes à la technologie des microréseaux.
Les microréseaux sont limités en résolution par rapport au séquençage, ce qui peut être très important pour localiser les sites de liaison POI dans le génome. En outre, ChIP-chip a un rapport signal/bruit plus élevé que les technologies de séquençage, ce qui signifie que les interactions subtiles sont perdues (Ho et al., 2011). La ChIP-chip a été déterminante dans la compréhension de la structure et de la fonction du génome humain (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Lecture complémentaire
Buck, M.J., et Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip : considérations pour la conception, l’analyse et l’application des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine à l’échelle du génome. Genomics 83, 349-360.
Cette revue est l’un des documents séminaux décrivant la ChIP-chip. Les auteurs donnent une bonne introduction à la technologie, et décrivent de manière pas à pas, sous forme de FAQ, la façon dont la ChIP-chip est réalisée.