ChIP-Microarrays (ChIP-chip)

ChIP-chip は最初の、そして最先端のChIP技術の中で最もシンプルな技術です(それはまた最も楽しい名前を言うことを持っています)。 2000 年に初めて記述された (Ren et al., 2000) ChIP-chip は、クロマチン IP とマイクロアレイ解析を組み合わせ、関心のあるタンパク質または修飾の分布のゲノム全体の解析を可能にします (Aparicio et al., 2004)。 得られた精製DNAサンプルとインプットサンプル(IP前のDNA)をそれぞれ蛍光標識し、マイクロアレイにコハイブリダイゼーションさせる。 市販されているさまざまなマイクロアレイのどれでも使用することができ、研究者は実験規模をコントロールすることができる。

もう一つの大きな利点はコストである。

マイクロアレイは、ゲノム中のPOI結合部位をピンポイントで特定するのに非常に重要なシークエンスと比較して、解像度が制限されている。 さらに、ChIP-chipはシーケンス技術よりも信号対雑音比が高く、微妙な相互作用が失われることを意味します(Hoら、2011年)。 ChIP-chipは、ヒトゲノムの構造と機能の理解に役立っている(Kim et al., 2005).

ChIP-chip Additional Reading

Buck, M.J., and Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip:ゲノムワイドなクロマチン免疫沈降実験のデザイン、解析、および応用のための考察。 Genomics 83, 349-360.

この総説は、ChIP-chipについて説明したセミナ文書の一つである。 技術の紹介から、ChIP-chipがどのように行われるのか、ステップバイステップでFAQ的に記述されている。

参考文献リスト

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