ChIP-chip on ensimmäinen ja yksinkertaisin edistyneistä ChIP-tekniikoista (sillä on myös hauskin nimi). Ensimmäisen kerran vuonna 2000 kuvattu (Ren et al., 2000), ChIP-chip yhdistää kromatiinin IP:n mikrosarja-analyysiin, mikä mahdollistaa kiinnostavien proteiinien tai modifikaatioiden jakautumisen genominlaajuisen analyysin (Aparicio et al., 2004).
Kromatiinin IP:ssä käytetään vasta-ainetta kiinnostavaa proteiinia tai proteiinimodifikaatiota vastaan. Tuloksena saatu puhdistettu DNA-näyte ja syöttönäyte (DNA ennen IP:tä) leimataan kumpikin fluoresoivasti ja yhteishybridisoidaan mikrosirulle. Mitä tahansa kaupallisesti saatavilla olevia mikrosiruja voidaan käyttää, mikä antaa tutkijoille mahdollisuuden kontrolloida kokeen mittakaavaa.
Toinen merkittävä etu ovat kustannukset: mikrosirutekniikka on nykyään suhteellisen edullista, mikä mahdollistaa monien näytteiden käsittelyn. ChIP-sirun haitat johtuvat mikrosirutekniikan luontaisista rajoituksista.
Mikrosirujen resoluutio on rajoitettu verrattuna sekvensointiin, mikä voi olla erittäin tärkeää POI:n sitoutumiskohtien paikallistamisessa genomissa. Lisäksi ChIP-sirussa on korkeampi signaali-kohinasuhde kuin sekvensointitekniikoissa, mikä tarkoittaa, että hienovaraiset vuorovaikutukset häviävät (Ho et al., 2011). ChIP-chip on auttanut ymmärtämään ihmisen genomin rakennetta ja toimintaa (Kim ym., 2005).
ChIP-chip Lisälukemista
Buck, M.J., ja Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: huomioita genomin laajuisten kromatiinin immunoprecipitaatiokokeiden suunnitteluun, analysointiin ja soveltamiseen. Genomics 83, 349-360.
Tämä katsaus on yksi ChIP-chipiä kuvaavista seminaaridokumenteista. Kirjoittajat antavat hyvän johdannon tekniikkaan ja kuvaavat vaiheittain ja usein kysytyin kysymyksin, miten ChIP-chip suoritetaan.