ChIP-Chip ist die erste und einfachste der fortgeschrittenen ChIP-Technologien (sie hat auch den amüsantesten klingenden Namen). Erstmals im Jahr 2000 beschrieben (Ren et al., 2000), verbindet ChIP-Chip die Chromatin-IP mit der Microarray-Analyse und ermöglicht so eine genomweite Analyse der Verteilung von Proteinen oder interessierenden Modifikationen (Aparicio et al., 2004).
Chromatin-IP wird mit einem Antikörper gegen ein Protein oder eine Proteinmodifikation von Interesse durchgeführt. Die resultierende gereinigte DNA-Probe und die Eingangsprobe (DNA vor der IP) werden jeweils fluoreszierend markiert und auf einem Microarray kohybridisiert. Es können alle im Handel erhältlichen Microarrays verwendet werden, so dass die Forscher die Kontrolle über den Versuchsumfang haben.
Ein weiterer großer Vorteil sind die Kosten: Die Microarray-Technologie ist heute relativ kostengünstig, so dass viele Proben verarbeitet werden können. Die Nachteile des ChIP-Chips ergeben sich aus den inhärenten Beschränkungen der Microarray-Technologie.
Microarrays haben im Vergleich zur Sequenzierung eine begrenzte Auflösung, was für die Lokalisierung von POI-Bindungsstellen im Genom sehr wichtig sein kann. Außerdem hat der ChIP-Chip ein höheres Signal-Rausch-Verhältnis als Sequenzierungstechnologien, was bedeutet, dass subtile Interaktionen verloren gehen (Ho et al., 2011). ChIP-Chip hat entscheidend zum Verständnis der Struktur und Funktion des menschlichen Genoms beigetragen (Kim et al., 2005).
ChIP-Chip Additional Reading
Buck, M.J., und Lieb, J.D. (2004). ChIP-Chip: Überlegungen zum Design, zur Analyse und zur Anwendung von genomweiten Chromatin-Immunpräzipitations-Experimenten. Genomics 83, 349-360.
Dieser Bericht ist eines der grundlegenden Dokumente zur Beschreibung von ChIP-Chips. Die Autoren geben eine gute Einführung in die Technologie und beschreiben in einer Schritt-für-Schritt-FAQ-Manier, wie ChIP-Chips durchgeführt werden.