Los cósmidos son predominantemente plásmidos con un oriV bacteriano, un marcador de selección de antibióticos y un sitio de clonación, pero llevan uno, o más recientemente dos, sitios cos derivados del bacteriófago lambda. Dependiendo del objetivo particular del experimento, se dispone de cósmidos de amplio rango de huéspedes, cósmidos lanzadera o cósmidos «de mamífero» (vinculados a SV40 oriV y a marcadores de selección de mamífero). La capacidad de carga de los cósmidos varía en función del tamaño del propio vector, pero suele situarse en torno a 40-45 kb. El procedimiento de clonación implica la generación de dos brazos del vector que se unen al ADN extraño. La selección contra el ADN de cósmidos de tipo salvaje se realiza simplemente por exclusión de tamaño. Por lo tanto, los cósmidos siempre forman colonias y no placas. Además, la densidad de clones es mucho menor, con alrededor de 105 – 106 UFC por µg de ADN ligado.
Después de la construcción de bibliotecas recombinantes de lambda o cósmidos, el ADN total se transfiere a un huésped E. coli apropiado mediante una técnica denominada empaquetamiento in vitro. Los extractos de empaquetamiento necesarios se derivan de los lisógenos de E. coli cI857 (red- gam- Sam y Dam (ensamblaje de la cabeza) y Eam (ensamblaje de la cola) respectivamente). Estos extractos reconocerán y empaquetarán las moléculas recombinantes in vitro, generando partículas de fago maduras (vectores basados en lambda) o plásmidos recombinantes contenidos en cáscaras de fago (cósmidos). Estas diferencias se reflejan en las diferentes frecuencias de infección observadas a favor de los vectores de sustitución lambda. Esto compensa su capacidad de carga ligeramente inferior. Las bibliotecas de fagos también se almacenan y examinan más fácilmente que las bibliotecas de cósmidos.
ADN objetivo: el ADN genómico que se va a clonar tiene que cortarse en el rango de tamaño apropiado de los fragmentos de restricción. Esto se suele hacer mediante una restricción parcial seguida de un fraccionamiento por tamaño o de una desfosforilación (utilizando fosfatasa de ternera) para evitar la mezcla de cromosomas, es decir, la ligación de fragmentos físicamente no ligados.