ChIP-chip es la primera y más sencilla de las tecnologías ChIP avanzadas (también tiene el nombre más divertido de decir). Descrita por primera vez en el año 2000 (Ren et al., 2000), ChIP-chip acopla la IP de la cromatina con el análisis de microarrays, lo que permite el análisis de la distribución de proteínas o modificaciones de interés en todo el genoma (Aparicio et al., 2004).
La IP de la cromatina se realiza utilizando un anticuerpo contra una proteína o una modificación proteica de interés. La muestra de ADN purificada resultante y la muestra de entrada (ADN antes de la IP) se marcan con fluorescencia y se cohíben en una micromatriz. Se puede utilizar cualquiera de la variedad de microarrays disponibles en el mercado, lo que permite a los investigadores controlar la escala experimental.
Otra ventaja importante es el coste: la tecnología de microarrays es ahora relativamente barata, lo que permite procesar muchas muestras. Las desventajas de ChIP-chip se derivan de las limitaciones inherentes a la tecnología de microarrays.
Los microarrays tienen una resolución limitada en comparación con la secuenciación, lo que puede ser muy importante a la hora de localizar los sitios de unión a PDI en el genoma. Además, ChIP-chip tiene una relación señal/ruido más alta que las tecnologías de secuenciación, lo que significa que las interacciones sutiles se pierden (Ho et al., 2011). ChIP-chip ha sido fundamental para comprender la estructura y la función del genoma humano (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Lectura adicional
Buck, M.J., y Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: consideraciones para el diseño, el análisis y la aplicación de experimentos de inmunoprecipitación de cromatina en todo el genoma. Genomics 83, 349-360.
Esta revisión es uno de los documentos del seminario que describe el ChIP-chip. Los autores dan una buena introducción a la tecnología, y describen de una manera paso a paso y con preguntas frecuentes cómo se realiza el ChIP-chip.