Forum:Chickenosaurus

Qui discuteremo il progetto Chickenosaurus di Jack Horner. Abbiamo bisogno di sapere quali modifiche saranno necessarie per ridare ad un pollo i suoi denti, la coda, ecc. Discutiamo anche le critiche sul progetto.

Si prega di fornire fonti per ogni affermazione e citazione.

I progressi che facciamo su questo forum dovrebbero essere incorporati nell’articolo Chickenosaur.

La coda

Gli uccelli antichi, come Archaeopteryx, avevano una lunga coda rettile. Gli uccelli moderni hanno ancora una coda vestigiale. L’obiettivo principale del progetto di Horner è quello di identificare il gene o i geni che causano l’inibizione dello sviluppo della coda in fase embrionale. Cambiando i modelli di espressione di questi geni, si potrebbero allevare polli con lunghe code di dinosauri.

L’idea ha attirato le critiche di molti scienziati. Sean Carroll, un biologo dello sviluppo, ha sperimentato lo sviluppo degli insetti, e questi esperimenti li hanno solitamente uccisi.

Mani e artigli

Penso che creare un animale molto simile a Dryosaurus o Hypsilophodon sarà abbastanza facile usando questo metodo, dato che il pollo ha già una struttura dell’anca ornitischiana. Tesoro di Jurassic Park (talk) 04:56, 10 marzo 2014 (UTC)

Snout

Nel 2011, uno scienziato è riuscito a creare un pollo con un muso. L’articolo è su New Scientist, quindi devi registrarti per leggere, ma l’articolo può essere letto anche qui. Va notato che hanno appena spento la fusione della premascella però. Tesoro di Jurassic Park (talk) 22:24, 4 dicembre 2013 (UTC)

Denti

Ho sentito dire che il gene dei denti nei polli li uccide prima della schiusa. Si può rendere il gene non letale, o dovremo saltare del tutto i denti? E sono curioso di vedere le proteine regolatrici e le sequenze. Sono su NCBI? Tesoro di Jurassic Park (talk) 06:15, 10 aprile 2013 (UTC)

A quanto pare, gli uccelli non possono sviluppare denti funzionali con smalto. I denti sviluppati negli embrioni erano solo gemme dentali inutili. Ma anche se i geni dello smalto dei denti nei polli sono scomparsi o sono diventati pseudogeni, sarebbe possibile rendere gli pseudogeni nuovamente funzionali? Tesoro di Jurassic Park (talk) 01:56, 15 aprile 2013 (UTC)

Ecco una sequenza di DNA nel pollo che una volta era smelina funzionale. Nel corso del tempo, è diventato uno pseudogene. Ma se riusciamo a scoprire cosa l’ha resa non funzionale, potremmo potenzialmente annullare le mutazioni puntiformi e trasformarla di nuovo in un gene funzionale? Tesoro di Jurassic Park (talk) 06:02, 16 aprile 2013 (UTC)

Ho appena confrontato la smelina di pollo con quella di coccodrillo su Clustal Omega. Si è scoperto che la smelina di pollo ha un sacco di lacune. Ha anche un bel po’ di differenze, quindi penso che ci saranno anche un sacco di mutazioni puntiformi da rilevare. Tesoro di Jurassic Park (talk) 06:15, 16 aprile 2013 (UTC)

Se lo pseudogene della smelina nel pollo fosse confrontato con i geni funzionali del coccodrillo o dell’alligatore, sarebbe possibile individuare le mutazioni che hanno reso il gene non funzionale e reingegnerizzarlo ad uno stato ancestrale funzionale? E se sì, potrebbe essere fatto anche con il gene AMEL? Perché il chickenosaur sia un dinosauro non aviario, per me deve avere braccia con artigli, una lunga coda E denti funzionali. Gli ornitomimidi sono l’unica eccezione. Tesoro di Jurassic Park (talk) 06:41, 20 maggio 2013 (UTC)

Ho fatto qualche ricerca. Anche se si ottenessero dei geni dello smalto funzionali, bisognerebbe trovare un modo per far esprimere i geni. L’unica cosa conosciuta che permette alle gemme dei denti dei polli di svilupparsi è talpid2, che è letale perché non solo permette ai denti di formarsi, ma anche perché incasina i sistemi degli organi.

Dovremo trovare un modo per far sì che talpid2 sia espresso nelle mascelle senza che influisca su altre parti del corpo. Tesoro di Jurassic Park (talk) 03:06, 25 marzo 2014 (UTC)

Che ne dici di iniettare smalto o talpid2 al momento giusto nelle gemme dei denti? Sai se qualcuno ci ha provato? BastionMonk (talk) 13:17, 3 giugno 2014 (UTC)

Bene, ora ho scoperto che molte specie senza smalto hanno geni dello smalto non funzionali in parte a causa della presenza di codoni di stop negli pseudogeni della smelina rimasti. I codoni di stop possono essere TGA, TAA o TAG. La sequenza dello pseudogene della smelina del pollo è su GenBank, quindi ora sto cercando di trovare tutti i codoni di stop in esso. Poi potremmo rimuoverli.

Tuttavia, per evitare di confondere le parti normali della sequenza con i codoni di stop, non conterò le sequenze TGA, TAA o TAG alla fine delle sezioni di dieci nucleotidi che le sequenze GenBank presentano come formato.

Per esempio, questo conterebbe come codone di stop nella mia ricerca: TAGgtcagg

Questo invece no: gtacaggTAG

Sarebbe un buon metodo per evitare di scambiare i codoni normali per codoni di stop? Se questo ha successo, penso che potremmo potenzialmente creare un gene funzionale della smelina per il chickenosaurus. Jurassic Park Treasury (talk) 08:26, 3 giugno 2014 (UTC)

Il codone di stop non dovrebbe essere a destra? BastionMonk (talk) 13:17, 3 giugno 2014 (UTC) Ho confrontato il gene dello smalto con i coccodrilli. Le somiglianze erano MOLTO sottili. Ho esaminato l’articolo di Sire et al. Anche loro non hanno trovato buoni riscontri quando hanno confrontato esoni molto conservati del gene ENAM dei coccodrilli con l’intero cromosoma 4 del pollo. Hanno trovato qualche somiglianza con quella regione “speudogene”, ma non ne sono soddisfatti. Pensano che i geni per ENAM e AMBN sono molto probabilmente persi dal genoma degli uccelli. Il cromosoma 4 è stato riarrangiato poco prima dell’ultimo antenato comune degli uccelli. Durante quel riarrangiamento, la regione ENAM è stata sostituita al bordo del cromosoma. Forse quella regione “speudogene” contiene alcune frazioni del gene, e forse no. Tuttavia, non hanno esaminato alcun genoma di ratiti. Quindi, forse… Ho guardato di nuovo velocemente l’articolo di Griffin et al., L’evoluzione del genoma aviario come rivelato dalla citogenetica molecolare comparata. Confrontano i cromosomi di diversi uccelli e tartarughe in base alla “vernice” dei cromosomi. Notano infatti che nel cromosoma 4 del pollo sono avvenuti riarrangiamenti e fusioni con altri cromosomi. Tuttavia, il cromosoma 4 è ancora inalterato in Rhea, Emu, Mallard, Muscovy, Californian Quail, Turkey, Pheasants ecc. Se questo è vero, dobbiamo solo aspettare che uno di questi uccelli sia completamente sequenziato e vedere come sono i loro geni dei denti. BastionMonk (talk) 13:59, 3 giugno 2014 (UTC) Di questi, credo che i genomi del germano reale e del tacchino siano stati sequenziati. Tuttavia, non riesco a trovare il gene ENAM in nessun database. Emù e struzzi sembrano buoni candidati, però. Mi capita di vivere in una città con una buona università, quindi forse potrei chiedere a un genetista o biologo evolutivo se sono interessati a scoprire se i ratiti conservano ancora i loro geni dei denti. Tesoro di Jurassic Park (talk) 21:13, 3 giugno 2014 (UTC) Questo è un argomento molto specifico. Non credere che un genetista a caso lo sappia. Mi chiedo come Jack Horner voglia affrontare questo problema. Ho BLASTato il gene ENAM del coccodrillo contro l’intero database aviario. Non ho ottenuto nessun buon risultato. Quindi, penso che la regione del cromosoma 4 non sia sequenziata in abbastanza arcosauri. BastionMonk (talk) 07:04, 4 giugno 2014 (UTC)

Problemi

Un critico ha detto questo: “Ho già visto il discorso TED del dottor Horner su questo – non mi piace per molte ragioni. La prima di queste ragioni è che l’idea di invertire l’ingegneria di un dinosauro da un pollo è un grossolano errore di interpretazione della scienza attuale. L’Evo-devo studia le relazioni evolutive degli organismi. Attraverso esperimenti complessi e davvero brillanti, i ricercatori stanno cominciando a svelare le direzioni per “costruire” un organismo, e come queste direzioni si sono evolute per creare la vita che vediamo intorno a noi. Sono spesso interessati ai geni e alle combinazioni di geni che codificano per i tratti ancestrali, tuttavia questa non è una ricerca di un modo per ricostruire i dinosauri. Invece, l’evo-devo è più una ricerca per capire come/perché i lignaggi complessi si evolvono da uno stato ad un altro.”

Se questo è corretto, allora sospetto che Horner non capisca bene tutta la faccenda dell’evo-devo. Un altro critico ha anche fatto notare che Horner sembra seguire la nozione screditata che “l’ontogenesi segue la filogenesi”. Tesoro di Jurassic Park (talk) 06:03, 4 dicembre 2013 (UTC)

Questo è come dire che la microbiologia è lo studio del funzionamento dei meccanismi cellulari, non la ricerca di nuove medicine. E quindi cercare di creare una nuova medicina usando la microbiologia è un “grossolano errore di interpretazione della scienza attuale”. Se Horner fosse così sbagliato non avrebbe mai potuto pubblicare il suo progetto su NewScientist. “L’ontogenesi segue la filogenesi”. È vero che lo sviluppo NON è una ripetizione al 100% dell’evoluzione. Tuttavia, non è affatto screditato. Lo sviluppo embrionale è ancora usato dai filogenisti e dai biologi evolutivi. È in ogni libro di testo sull’evoluzione. Per esempio: Freeman S.,Herron J.C. (2004) Evolutionary Analysis (3th Ed.). Pagina 51, 52.

BastionMonk (talk) 11:43, 4 dicembre 2013 (UTC)

Dinosauro, o strano pollo?

Molti critici del progetto sostengono che il chickenosaur non sarebbe un vero dinosauro non aviario, ma semplicemente un uccello con coda e braccia. Gli atavismi non cambiano la specie di un organismo. Se vedete un cavallo in miniatura nato con dita extra, lo chiamate un Eohippus? Tesoro di Jurassic Park (talk) 00:32, 22 ottobre 2013 (UTC)

Attualmente, non ci sono regole su dove appartengono gli animali artificiali sull’albero tassonomico. Craig Venter ha dato al suo batterio Mycoplasma modificato “Mycoplasma laboratorium”. Quindi, la modifica ha cambiato la sua specie. Un cavallo moderno con le dita dei piedi non è Eohippus, perché allora avrebbe bisogno di quasi tutte le caratteristiche che ha Eohippus. Tuttavia, se avete un singolo cavallo con le dita dei piedi, la maggior parte dei tassonomi lo chiamerà semplicemente un cavallo con un’abberazione. Tuttavia, se avete un intero branco di queste creature, probabilmente gli daranno un nuovo nome, dato che tutti gli Equus non hanno le dita dei piedi. I nomi tassonomici sono più qualcosa che sono inventati dall’uomo piuttosto che scoperti. Quindi, cosa sarebbe un chickenosaur? Beh, se si tratta di un solo animale, la maggior parte delle persone lo chiamerà semplicemente pollo con qualche abbreviazione. Tuttavia, se avete uno stormo riproduttivo di queste creature, probabilmente gli daranno un nuovo nome. I polli non hanno denti, né coda né artigli. Inoltre, nessun clade di uccelli esistenti ha queste caratteristiche. Quindi, la tassonomia dovrà inventare un nuovo clade o inserirli in un clade già esistente (che potrebbe far parte del gruppo dei dinosauri non aviari). BastionMonk (talk) 20:27, 22 ottobre 2013 (UTC)

Riproduzione

Horner ha detto che se un chickenosaurus si accoppiasse con un altro chickenosaurus, produrrebbe un pollo, poiché i geni stessi non sono stati modificati. È vero? Tesoro di Jurassic Park (talk) 02:15, 6 marzo 2014 (UTC)

Nel libro ha detto che non cambierà il DNA dei polli. Horner vuole infilare un sacco di tubi in un embrione di pollo in via di sviluppo. Nelle giuste fasi dello sviluppo verranno messi nell’embrione ormoni e fattori di trascrizione. Se questo viene fatto nel modo giusto, l’embrione di pollo si svilupperà in un chickenosaur. Horner e il suo team dovranno scoprire il metodo giusto attraverso congetture educate e prove ed errori. Questo è più facile da fare manipolando manualmente i livelli di ormoni che modificando le sequenze di regolazione degli ormoni. È anche risparmioso, perché il chickenosaur non può riprodursi se scappasse in natura. Ma non preoccupatevi. Una volta che il chickenosaur è stato creato con successo, è possibile cambiare il suo DNA in modo che il fenotipo del chickenosaur sia codificato anche nel suo genoma. Ma questo sarebbe un progetto e sich. BastionMonk (talk) 09:58, 6 marzo 2014 (UTC)