A ChIP-chip az első és legegyszerűbb a fejlett ChIP-technológiák közül (a legviccesebb nevet is ez kapta). Először 2000-ben írták le (Ren et al., 2000), a ChIP-chip összekapcsolja a kromatin IP-t a microarray-elemzéssel, lehetővé téve az érdeklődésre számot tartó fehérjék vagy módosulások eloszlásának genom-szerte történő elemzését (Aparicio et al., 2004).
A kromatin IP-t az érdeklődésre számot tartó fehérje vagy fehérjemódosítás elleni ellenanyaggal végzik. Az így kapott tisztított DNS-mintát és a bemeneti mintát (IP előtti DNS) mindkettőt fluoreszcens módon jelölik és együttesen hibridizálják egy microarray-re. A kereskedelmi forgalomban kapható különféle microarray-k bármelyike használható, így a kutatóknak lehetőségük van a kísérleti skála ellenőrzésére.
A másik nagy előny a költség: a microarray-technológia ma már viszonylag olcsó, így sok minta feldolgozható. A ChIP-chip hátrányai a microarray-technológia inherens korlátaiból erednek.
A microarrayk felbontása korlátozott a szekvenáláshoz képest, ami nagyon fontos lehet a POI kötőhelyek pontos meghatározásában a genomban. Továbbá a ChIP-chip nagyobb jel-zaj aránnyal rendelkezik, mint a szekvenálási technológiák, ami azt jelenti, hogy a finom kölcsönhatások elvesznek (Ho és mtsai., 2011). A ChIP-chip fontos szerepet játszott az emberi genom szerkezetének és működésének megértésében (Kim és mtsai., 2005).
ChIP-chip További olvasmányok
Buck, M.J., és Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: megfontolások a genom-szintű kromatin immunprecipitációs kísérletek tervezéséhez, elemzéséhez és alkalmazásához. Genomics 83, 349-360.
Ez az áttekintés a ChIP-chipet leíró szemináriumi dokumentumok egyike. A szerzők jó bevezetőt adnak a technológiáról, és lépésről lépésre, GYIK-szerűen írják le a ChIP-chip elvégzését.