ChIP-chip is de eerste en eenvoudigste van de geavanceerde ChIP-technologieën (het heeft ook de leukste naam om te zeggen). ChIP-chip werd voor het eerst beschreven in 2000 (Ren et al., 2000) en koppelt chromatine IP aan microarray-analyse waardoor genoombrede analyse van de distributie van eiwitten of modificaties van belang mogelijk is (Aparicio et al., 2004).
Chromatine IP wordt uitgevoerd met behulp van een antilichaam tegen een eiwit of eiwitmodificatie van belang. Het resulterende gezuiverde DNA-monster en het inputmonster (DNA voorafgaand aan IP) worden elk fluorescent gelabeld en gecohybridiseerd op een microarray. Een van de vele in de handel verkrijgbare microarrays kan worden gebruikt, zodat de onderzoekers de experimentele schaal onder controle hebben.
Een ander groot voordeel is de kostprijs: microarray-technologie is nu relatief goedkoop, zodat veel monsters kunnen worden verwerkt. De nadelen van ChIP-chip zijn afgeleid van de inherente beperkingen van microarray-technologie.
Microarrays zijn beperkt in resolutie in vergelijking met sequencing, wat zeer belangrijk kan zijn bij het lokaliseren van POI-bindingsplaatsen in het genoom. Verder heeft ChIP-chip een hogere signaal-ruisverhouding dan sequencing-technologieën, wat betekent dat subtiele interacties verloren gaan (Ho et al., 2011). ChIP-chip is van groot belang geweest bij het begrijpen van de structuur en functie van het menselijk genoom (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Additional Reading
Buck, M.J., and Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: overwegingen voor het ontwerp, de analyse, en de toepassing van genoom-brede chromatine immunoprecipitatie experimenten. Genomics 83, 349-360.
Deze review is een van de semi documenten die ChIP-chip beschrijven. De auteurs geven een goede intro van de technologie, en beschrijven in een stap-voor-stap, FAQ manier hoe ChIP-chip wordt uitgevoerd.