ChIP-chip jest pierwszą i najprostszą z zaawansowanych technologii ChIP (ma również najzabawniejszą nazwę). Po raz pierwszy opisana w 2000 roku (Ren i in., 2000), ChIP-chip łączy chromatynową IP z analizą mikromacierzy, umożliwiając genomową analizę dystrybucji białek lub modyfikacji zainteresowania (Aparicio i in., 2004).
Chromatynowa IP jest wykonywana przy użyciu przeciwciała przeciwko białku lub modyfikacji białka zainteresowania. Uzyskana oczyszczona próbka DNA i próbka wejściowa (DNA przed IP) są znakowane fluorescencyjnie i hybrydyzowane do mikromacierzy. Każda z wielu dostępnych komercyjnie mikromacierzy może być użyta, dając badaczom kontrolę nad skalą eksperymentu.
Inną główną zaletą jest koszt: technologia mikromacierzy jest teraz stosunkowo niedroga, pozwalając na przetwarzanie wielu próbek. Wady ChIP-chip wynikają z nieodłącznych ograniczeń technologii mikromacierzy.
Mikromacierze mają ograniczoną rozdzielczość w porównaniu do sekwencjonowania, co może być bardzo ważne przy wskazywaniu miejsc wiązania POI w genomie. Ponadto, ChIP-chip ma wyższy stosunek sygnału do szumu niż technologie sekwencjonowania, co oznacza, że subtelne interakcje są tracone (Ho i in., 2011). ChIP-chip odegrał kluczową rolę w zrozumieniu struktury i funkcji ludzkiego genomu (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Dodatkowe lektury
Buck, M.J., and Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: considerations for the design, analysis, and application of genome-wide chromatin immunoprecipitation experiments. Genomics 83, 349-360.
Ta recenzja jest jednym z podstawowych dokumentów opisujących ChIP-chip. Autorzy dają dobre wprowadzenie do technologii i opisują krok po kroku, w sposób FAQ, jak ChIP-chip jest wykonywany.
Lista referencji
.