Czy moglibyśmy zmodyfikować emu w dinozaura?
Tutaj będziemy dyskutować o projekcie Kurczakozaura Jacka Hornera. Musimy wiedzieć, jakie modyfikacje będą potrzebne, aby kurczak odzyskał zęby, ogon itp. Omówimy też krytykę tego projektu.
Proszę podać źródła dla każdego twierdzenia i cytatu.
Postępy, które poczynimy na tym forum powinny zostać włączone do artykułu o Kurczakozaurze.
Ogon
Starożytne ptaki, jak Archaeopteryx, miały długi reptiliański ogon. Współczesne ptaki wciąż mają szczątkowy ogon. Głównym celem projektu Hornera jest zidentyfikowanie genu (genów), który powoduje zahamowanie rozwoju ogona w stadium embrionalnym. Zmieniając wzorce ekspresji tych genów, można by wyhodować kurczaki z długimi dinozaurzymi ogonami.
Pomysł ten spotkał się z krytyką wielu naukowców. Sean Carroll, biolog rozwojowy, eksperymentował z rozwojem owadów, a te eksperymenty zazwyczaj je zabijały.
Ręce i pazury
Sądzę, że stworzenie zwierzęcia bardzo podobnego do Dryosaurus lub Hypsilophodon będzie dość łatwe przy użyciu tej metody, ponieważ kurczak ma już ornitowską budowę bioder. Skarb Jurassic Park (talk) 04:56, 10 marca 2014 (UTC)
Ryje
W 2011 roku naukowcowi udało się stworzyć kurczaka z ryjem. Artykuł jest na New Scientist, więc trzeba się zarejestrować, żeby przeczytać, ale artykuł można też przeczytać tutaj. Należy zauważyć, że oni po prostu wyłączył fuzji premaxilla choć. Skarb Jurassic Park (talk) 22:24, 4 grudnia 2013 (UTC)
Zęby
Słyszałem, że gen zębów u kurczaków zabija je zanim się wyklują. Czy można uczynić ten gen nieśmiertelnym, czy też będziemy musieli całkowicie pominąć zęby? I jestem ciekaw, jak wyglądają białka regulatorowe i sekwencje. Czy są one w NCBI? Skarb Jurassic Park (talk) 06:15, 10 kwietnia 2013 (UTC)
Podobno ptaki nie mogą wykształcić funkcjonalnych zębów ze szkliwem. Zęby wykształcone w embrionach były jedynie bezużytecznymi pączkami zębowymi. Ale nawet jeśli geny szkliwa zębów u kurczaków zanikły lub stały się pseudogenami, to czy dałoby się te pseudogeny ponownie uczynić funkcjonalnymi? Skarb Jurassic Park (talk) 01:56, 15 kwietnia 2013 (UTC)
Oto sekwencja DNA u kurczaka, która kiedyś była funkcjonalną enameliną. Z czasem stała się ona pseudogenem. Ale jeśli dowiemy się, co sprawiło, że jest niefunkcjonalna, czy możemy potencjalnie cofnąć mutacje punktowe i przekształcić ją ponownie w funkcjonalny gen? Skarb Jurassic Park (talk) 06:02, 16 kwietnia 2013 (UTC)
Właśnie porównałem kurzą emalię z emalią krokodyla na Clustal Omega. Okazuje się, że kurza emalina ma w sobie mnóstwo luk. Ma też sporo różnic, więc myślę, że będzie też sporo mutacji punktowych do wykrycia. Skarb Parku Jurajskiego (talk) 06:15, 16 kwietnia 2013 (UTC)
Gdyby porównać pseudogen emaliny u kurczaka z funkcjonalnymi genami krokodyla lub aligatora, to czy dałoby się wykryć mutacje, które sprawiły, że gen stał się niefunkcjonalny i cofnąć go do funkcjonalnego stanu przodka? A jeśli tak, to czy dałoby się to zrobić również z genem AMEL? Według mnie, aby kurczakozaur był dinozaurem nieazjatyckim, musiałby mieć ramiona z pazurami, długi ogon ORAZ funkcjonalne zęby. Ornitomimidy są tu jedynym wyjątkiem. Skarb Jurassic Park (talk) 06:41, 20 maja 2013 (UTC)
Przeprowadziłem pewne badania. Nawet gdybyś dostał jakieś funkcjonalne geny szkliwa, musiałbyś znaleźć sposób na ekspresję tych genów. Jedyną znaną rzeczą, która pozwala na rozwój pączków zębowych u kurczaków jest talpid2, który jest śmiertelny, ponieważ nie tylko pozwala na formowanie się zębów, ale także dlatego, że spieprza układy narządów.
Będziemy musieli znaleźć sposób na ekspresję talpid2 w szczękach bez wpływu na inne części ciała. Skarb Parku Jurajskiego (talk) 03:06, 25 marca 2014 (UTC)
Co z wstrzykiwaniem szkliwa lub talpid2 w odpowiednim czasie do pączków zębowych? Wiecie może czy ktoś tego próbował? BastionMonk (talk) 13:17, 3 czerwca 2014 (UTC)
Cóż, odkryłem teraz, że wiele gatunków bez emalii ma niefunkcjonalne geny emalii częściowo z powodu obecności kodonów stop w pozostałych pseudogenach emalii. Kodonami stopu mogą być TGA, TAA lub TAG. Sekwencja pseudogenu szkliwa u kurczaka znajduje się w GenBanku, więc próbuję teraz znaleźć w niej wszystkie kodony stop. Wtedy moglibyśmy je usunąć.
Jednakże, aby uniknąć mylenia normalnych części sekwencji z kodonami stopu, nie będę liczył sekwencji TGA, TAA lub TAG na końcu dziesięcionukleotydowych odcinków, w których sekwencje GenBank są prezentowane jako format.
Na przykład, to liczyłoby się jako kodon stopu w moim wyszukiwaniu: TAGgtcagg
Jednakże nie byłoby to: gtacaggTAG
Czy byłaby to dobra metoda, aby uniknąć pomylenia normalnych kodonów z kodonami stop? Jeśli to się uda, myślę, że potencjalnie moglibyśmy stworzyć funkcjonalny gen emaliny dla kurczakozaura. Skarb Jurassic Park (talk) 08:26, 3 czerwca 2014 (UTC)
Czy kodon stop nie powinien być po prawej stronie? BastionMonk (talk) 13:17, 3 czerwca 2014 (UTC) Porównywałem gen szkliwa z krokodylami. Podobieństwa były BARDZO nikłe. Zajrzałem do artykułu Sire i wsp. Oni też nie mogli znaleźć dobrych trafień, gdy porównywali bardzo konserwowane egzony krokodylego genu ENAM z całym chromosomem 4 kurczaka. Znaleźli pewne podobieństwo z tym „speudogennym” regionem, ale nie są z niego zadowoleni. Uważają, że geny dla ENAM i AMBN zostały najprawdopodobniej utracone z ptasiego genomu. Chromosom 4 został przearanżowany tuż przed ostatnim wspólnym przodkiem ptaków. Podczas tej rearanżacji region ENAM został przesunięty na krawędź chromosomu. Może ten „speudogenny” region zawiera jakieś fragmenty genu, a może nie. Nie przyjrzeli się jednak żadnemu genomowi szczura. Więc może… Zajrzałem jeszcze raz na szybko do artykułu Griffina i wsp., The evolution of the avian genome as revealed by comparative molecular cytogenetics. Porównują oni chromosomy różnych ptaków i żółwi na podstawie chromosomowej „farby”. Rzeczywiście zauważają, że u kurczaka doszło do rearanżacji chromosomu 4 i fuzji z innymi chromosomami. Jednak chromosom 4 jest nadal niezmieniony u Rhea, Emu, Mallard, Muscovy, Przepiórki Kalifornijskiej, Indyka, Bażantów itd. Jeśli to prawda, musimy po prostu poczekać, aż jeden z tych ptaków zostanie w pełni zsekwencjonowany i dowiemy się, jak wyglądają ich geny zębów. BastionMonk (talk) 13:59, 3 czerwca 2014 (UTC) Z tych, wierzę, że genomy krzyżówki i indyka zostały zsekwencjonowane. Nie mogę jednak znaleźć genu ENAM w żadnej bazie danych. Emus i strusie brzmią jednak jak dobrzy kandydaci. Tak się składa, że mieszkam w mieście z dobrym uniwersytetem, więc może mógłbym zapytać genetyka lub biologa ewolucyjnego, czy są zainteresowani ustaleniem, czy bezgrzebieniowce nadal zachowują swoje geny zębów. Skarb Jurassic Park (talk) 21:13, 3 czerwca 2014 (UTC) To bardzo specyficzny temat. Nie myślcie, że przypadkowy genetyk to wie. Ciekawe jak Jack Horner chce się zmierzyć z tym problemem. Ja BLASTowałem gen ENAM krokodyla względem całej bazy danych Avian. Nie uzyskałem żadnych dobrych wyników. Myślę więc, że region chromosomu 4 nie został zsekwencjonowany u wystarczającej liczby archozaurów. BastionMonk (talk) 07:04, 4 czerwca 2014 (UTC)
Problemy
Krytyk powiedział tak. „Widziałem już wcześniej wykład TED dr Hornera na ten temat – nie lubię go z wielu powodów. Głównym z tych powodów jest to, że pomysł inżynierii odwrotnej dinozaura z kurczaka jest rażącym błędem w interpretacji rzeczywistej nauki. Evo-devo bada ewolucyjne związki organizmów. Poprzez skomplikowane i naprawdę genialne eksperymenty naukowcy zaczynają odkrywać kierunki „budowy” organizmów i jak te kierunki ewoluowały, by stworzyć życie, które widzimy wokół nas. Często interesują ich geny i kombinacje genów, które kodują cechy przodków, jednak nie jest to poszukiwanie sposobu na odbudowę dinozaurów. Zamiast tego, evo-devo jest bardziej poszukiwaniem zrozumienia jak/czemu złożone linie ewoluują z jednego stanu w inny.”
Jeśli to jest poprawne, to podejrzewam, że Horner nie do końca rozumie całą rzecz evo-devo. Inny krytyk zauważył również, że Horner wydaje się podążać za zdyskredytowanym poglądem, że „ontogeneza podąża za filogenezą”. Skarb Parku Jurajskiego (talk) 06:03, 4 grudnia 2013 (UTC)
To tak, jakby powiedzieć, że mikrobiologia jest badaniem działania mechanizmów komórkowych, a nie poszukiwaniem nowych leków. I dlatego próba stworzenia nowego leku za pomocą mikrobiologii jest „rażącym błędem w interpretacji rzeczywistej nauki”. Gdyby Horner tak bardzo się mylił, nigdy nie byłby w stanie opublikować swojego planu w NewScientist. „ontogeneza podąża za filogenezą”. To prawda, że rozwój NIE JEST 100% powtórzeniem ewolucji. Jednak nie jest to w żaden sposób zdyskredytowane. Rozwój embrionalny jest wciąż używany przez filogenetyków i biologów ewolucyjnych. Jest w każdym podręczniku o ewolucji. Na przykład: Freeman S.,Herron J.C. (2004) Evolutionary Analysis (3th Ed.). Strona 51, 52.
BastionMonk (talk) 11:43, 4 grudnia 2013 (UTC)
Dinozaur, czy dziwny kurczak?
Wielu krytyków projektu twierdzi, że kurczakozaur nie byłby prawdziwym nieazjatyckim dinozaurem, a jedynie ptakiem z ogonem i ramionami. Atawizmy nie zmieniają przynależności gatunkowej organizmu. Jeśli zobaczysz miniaturowego konia, który urodzi się z dodatkowymi palcami, czy nazwiesz go Eohippusem? Skarb Jurassic Park (talk) 00:32, October 22, 2013 (UTC)
Obecnie nie ma reguł dotyczących miejsca sztucznych zwierząt na drzewie taksonomicznym. Craig Venter nadał swojej zmodyfikowanej Mycoplasma bacterum nazwę „Mycoplasma laboratorium”. Tak więc modyfikacja zmieniła jej gatunek. Współczesny koń z palcami u nóg nie jest Eohippusem, bo wtedy musiałby mieć prawie WSZYSTKIE cechy, które ma Eohippus. Jeśli jednak mamy pojedynczego konia z palcami, większość taksonomów nazwie go po prostu koniem z abberacją. Jeśli jednak masz całe stado tych stworzeń, prawdopodobnie nadadzą mu nową nazwę, ponieważ wszystkie Equus nie mają palców u nóg. Nazwy taksonomiczne są raczej czymś wymyślonym przez człowieka niż odkrytym. Czym więc byłby kurczakozaur? Cóż, jeśli jest to tylko jedno zwierzę, większość ludzi nazwie go po prostu kurczakiem z kilkoma skrótami. Jeśli jednak masz rozmnażające się stado tych stworzeń, prawdopodobnie nadadzą mu nowe imię. Kurczaki nie mają zębów, ogona i pazurów. Co więcej, ani jeden klad istniejących ptaków nie posiada tych cech. Tak więc taksonomia będzie musiała albo wymyślić nowy klad, albo umieścić je w już istniejącym kladzie (który mógłby być częścią grupy dinozaurów nieawaryjskich). BastionMonk (talk) 20:27, 22 października 2013 (UTC)
Reprodukcja
Horner stwierdził, że gdyby chickenosaurus miał kopulować z innym chickenosaurusem, to powstałby kurczak, gdyż same geny nie zostały zmienione. Czy to prawda? Skarb Jurassic Park (talk) 02:15, 6 marca 2014 (UTC)
W książce powiedział, że nie będzie zmieniał DNA kurczaków. Horner chce wsadzić wiele rurek do rozwijającego się zarodka kurczaka. Na odpowiednich etapach rozwoju do embrionu będą wprowadzane hormony i czynniki transkrypcyjne. Jeśli zostanie to zrobione we właściwy sposób, zarodek kurczaka rozwinie się w kurczaka-zaura. Horner i jego zespół będą musieli odkryć właściwą metodę za pomocą domysłów i prób i błędów. Łatwiej jest to zrobić poprzez ręczne manipulowanie poziomem hormonów niż poprzez modyfikowanie ich sekwencji regulacyjnych. Jest to również bezpieczniejsze, ponieważ chickenozaur nie może się rozmnażać, jeśli uciekłby na wolność. Ale nie martwcie się. Kiedy już uda się stworzyć chickenozaura, można zmienić jego DNA tak, by fenotyp chickenozaura był również zakodowany w jego genomie. Ale to już byłby projekt an sich. BastionMonk (talk) 09:58, 6 marca 2014 (UTC)