Kosmidy są głównie plazmidami z bakteryjnym oriV, antybiotykowym markerem selekcyjnym i miejscem klonowania, ale posiadają jedno, a ostatnio dwa miejsca cos pochodzące z bakteriofaga lambda. W zależności od konkretnego celu doświadczenia, dostępne są kosmidy o szerokim zakresie gospodarza, kosmidy typu shuttle lub kosmidy „ssaków” (połączone z SV40 oriV i markerami selekcyjnymi ssaków). Pojemność kosmidów różni się w zależności od wielkości samego wektora, ale zwykle wynosi około 40-45 kb. Procedura klonowania polega na wytworzeniu dwóch ramion wektora, które są następnie przyłączane do obcego DNA. Selekcja przeciwko DNA kosmidów typu dzikiego odbywa się po prostu poprzez wykluczenie wielkości. Kosmidy zatem zawsze tworzą kolonie, a nie płytki. Również gęstość klonów jest znacznie niższa i wynosi około 105 – 106 CFU na µg ligowanego DNA.
Po skonstruowaniu rekombinowanych bibliotek lambda lub kosmidów całkowite DNA jest przenoszone do odpowiedniego gospodarza E. coli za pomocą techniki zwanej pakowaniem in vitro. Niezbędne ekstrakty opakowujące pochodzą z lizogenów E. coli cI857 (odpowiednio: red- gam- Sam oraz Dam (montaż głowy) i Eam (montaż ogona)). Ekstrakty te rozpoznają i pakują rekombinowane cząsteczki in vitro, generując albo dojrzałe cząsteczki fagowe (wektory oparte na lambdzie) albo rekombinowane plazmidy zawarte w otoczkach fagowych (kosmidy). Różnice te są odzwierciedlone w różnych częstotliwościach infekcji obserwowanych na korzyść wektorów zastępczych lambda. Kompensuje to ich nieco niższą zdolność do ładowania. Biblioteki fagowe są również łatwiej przechowywane i przesiewane niż kosmidowe.
DNA DOCELOWE: genomowe DNA, które ma być sklonowane musi być pocięte na fragmenty restrykcyjne o odpowiednim zakresie wielkości. Zwykle dokonuje się tego przez częściową restrykcję, po której następuje albo frakcjonowanie pod względem wielkości, albo fosforylacja (przy użyciu fosfatazy z jelita cielęcego) w celu uniknięcia chromosomowego scramblingu, tj. ligacji fizycznie niepowiązanych fragmentów.
.