ChIP-chip é a primeira, e a mais simples das tecnologias ChIP avançadas (também tem o nome mais divertido de dizer). Descrito pela primeira vez em 2000 (Ren et al., 2000), o ChIP-chip associa a cromatina IP à análise de microarranjo permitindo a análise de todo o genoma da proteína ou modificações de distribuição de interesse (Aparicio et al., 2004).
Chromatin IP é feito usando um anticorpo contra uma proteína ou modificação de proteína de interesse. A amostra de DNA purificada resultante e a amostra de entrada (DNA antes da IP) são cada uma fluorescentemente rotulada e co-hibridizada para um microarray. Qualquer uma das variedades de microarrays comercialmente disponíveis pode ser usada dando aos pesquisadores o controle da escala experimental.
Uma outra grande vantagem é o custo: a tecnologia de microarrays é agora relativamente barata, permitindo que muitas amostras sejam processadas. As desvantagens do ChIP-chip são derivadas das limitações inerentes à tecnologia de microarrays.
Microarrays são limitados na resolução em comparação com o sequenciamento, o que pode ser muito importante na identificação de locais de ligação POI no genoma. Além disso, o ChIP-chip tem uma maior relação sinal/ruído do que as tecnologias de sequenciamento, o que significa que as interações sutis são perdidas (Ho et al., 2011). O ChIP-chip tem sido fundamental na compreensão da estrutura e função do genoma humano (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Additional Reading
Buck, M.J., e Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: considerações para o desenho, análise e aplicação de experimentos de imunoprecipitação de cromatina em todo o genoma. Genomics 83, 349-360.
Esta revisão é um dos documentos do seminário que descreve o ChIP-chip. Os autores dão uma boa introdução à tecnologia, e descrevem de forma passo a passo, as FAQ como o ChIP-chip é realizado.