Cosmidele sunt predominant plasmide cu un oriV bacterian, un marker de selecție antibiotic și un situs de clonare, dar poartă unul sau, mai recent, două situsuri cos derivate din bacteriofagul lambda. În funcție de scopul specific al experimentului, sunt disponibile cosmide cu o gamă largă de gazde, cosmide naveta sau cosmide „mamifere” (legate de oriV SV40 și markeri de selecție pentru mamifere). Capacitatea de încărcare a cosmizilor variază în funcție de dimensiunea vectorului în sine, dar de obicei se situează în jurul a 40-45 kb. Procedura de clonare implică generarea a două brațe de vector care sunt apoi unite cu ADN-ul străin. Selecția împotriva ADN-ului cosmidic de tip sălbatic se face pur și simplu prin excludere de dimensiune. Prin urmare, cosmidele formează întotdeauna colonii și nu plăci. De asemenea, densitatea de clone este mult mai mică, cu aproximativ 105 – 106 UFC per µg de ADN ligat.
După construirea bibliotecilor lambda sau cosmidice recombinate, ADN-ul total este transferat într-o gazdă E. coli adecvată prin intermediul unei tehnici numite ambalare in vitro. Extractele de împachetare necesare sunt derivate din lizogenii E. coli cI857 (red- gam- Sam și Dam (asamblarea capului) și, respectiv, Eam (asamblarea cozii)). Aceste extracte vor recunoaște și împacheta moleculele recombinate in vitro, generând fie particule fagice mature (vectori pe bază de lambda), fie plasmide recombinate conținute în învelișurile fagice (cosmide). Aceste diferențe se reflectă în frecvențele diferite de infecție observate în favoarea vectorilor de substituție lambda. Acest lucru compensează capacitatea lor de încărcare ușor mai mică. Bibliotecile de fagi sunt, de asemenea, stocate și criblate mai ușor decât bibliotecile de cosmide.
ADN țintă: ADN-ul genomic care urmează să fie clonat trebuie să fie tăiat în fragmente de restricție de dimensiuni corespunzătoare. Acest lucru se face de obicei prin restricție parțială urmată fie de fracționarea dimensională, fie de defosforilare (folosind fosfatază de intestin de vițel) pentru a evita amestecul cromozomilor, adică legarea fragmentelor nelegate fizic.
.