ChIP-chip är den första och enklaste av de avancerade ChIP-teknologierna (den har också det roligaste namnet). ChIP-chip beskrevs för första gången år 2000 (Ren et al., 2000) och kopplar kromatin-IP till mikroarray-analys vilket möjliggör en genomomfattande analys av fördelningen av proteiner eller modifieringar av intresse (Aparicio et al., 2004).
Kromatin-IP görs med hjälp av en antikropp mot ett protein eller en proteinmodifiering av intresse. Det resulterande renade DNA-provet och det ingående provet (DNA före IP) är båda fluorescerande märkta och co-hybridiseras till ett mikroarray. Alla olika kommersiellt tillgängliga mikroarrayer kan användas, vilket ger forskarna kontroll över den experimentella skalan.
En annan stor fördel är kostnaden: mikroarraytekniken är nu relativt billig, vilket gör det möjligt att bearbeta många prover. Nackdelarna med ChIP-chip härrör från mikroarrayteknikens inneboende begränsningar.
Mikroarrays har en begränsad upplösning jämfört med sekvensering, vilket kan vara mycket viktigt för att lokalisera POI-bindningsställen i genomet. Vidare har ChIP-chip ett högre signal-brusförhållande än sekvenseringsteknik, vilket innebär att subtila interaktioner går förlorade (Ho et al., 2011). ChIP-chip har varit avgörande för förståelsen av det mänskliga genomets struktur och funktion (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Ytterligare läsning
Buck, M.J. och Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: Överväganden för utformning, analys och tillämpning av kromatinimmunuttagsexperiment över hela genomet. Genomics 83, 349-360.
Denna översikt är ett av de seminariedokument som beskriver ChIP-chip. Författarna ger en bra introduktion till tekniken och beskriver på ett steg-för-steg- och FAQ-sätt hur ChIP-chip utförs.