Kosmider är huvudsakligen plasmider med en bakteriell oriV, en antibiotisk selektionsmarkör och en kloneringsplats, men de har en, eller på senare tid två, cos-platser som härstammar från bakteriofag lambda. Beroende på experimentets särskilda syfte finns cosmider med brett värdområde, skyttelkosmider eller däggdjurskosmider (kopplade till SV40 oriV och selektionsmarkörer för däggdjur). Cosmidernas laddningskapacitet varierar beroende på vektorns storlek, men ligger vanligen runt 40-45 kb. Kloneringsproceduren innebär att man skapar två vektorarmar som sedan förenas med det främmande DNA:t. Selektion mot cosmid-DNA av vildtyp sker helt enkelt genom storleksexkludering. Cosmids bildar därför alltid kolonier och inte plaster. Klontätheten är också mycket lägre med cirka 105-106 CFU per µg ligerat DNA.
Efter konstruktionen av rekombinanta lambda- eller kosmidbibliotek överförs det totala DNA:t till en lämplig E. coli-värd via en teknik som kallas in vitro-paketering. De nödvändiga paketeringsextrakten härrör från E. coli cI857 lysogener (red- gam- Sam och Dam (head assembly) respektive Eam (tail assembly)). Dessa extrakt kommer att känna igen och förpacka de rekombinanta molekylerna in vitro och generera antingen mogna fagpartiklar (lambda-baserade vektorer) eller rekombinanta plasmider som ingår i fagskal (cosmider). Dessa skillnader återspeglas i de olika infektionsfrekvenser som ses till förmån för lambdaersättande vektorer. Detta kompenserar för deras något lägre laddningskapacitet. Fagbibliotek lagras och screenas också lättare än cosmidbibliotek.
Mål-DNA: Det genomiska DNA som skall klonas måste skäras upp i restriktionsfragment av lämplig storlek. Detta görs vanligen genom partiell restriktion följt av antingen storleksfraktionering eller avfosforylering (med hjälp av kalvintestinfosfatas) för att undvika kromosomförvrängning, dvs. ligering av fysiskt obundna fragment.