ChIP-chip è la prima e più semplice delle tecnologie ChIP avanzate (ha anche il nome più divertente). Descritta per la prima volta nel 2000 (Ren et al., 2000), ChIP-chip accoppia l’IP della cromatina all’analisi microarray consentendo l’analisi a livello genomico della distribuzione delle proteine o delle modifiche di interesse (Aparicio et al., 2004).
L’IP della cromatina viene effettuato utilizzando un anticorpo contro una proteina o una modifica proteica di interesse. Il campione di DNA purificato risultante e il campione di input (DNA prima dell’IP) sono etichettati in modo fluorescente e co-ibridati a un microarray. Uno qualsiasi dei vari microarray disponibili in commercio può essere usato dando ai ricercatori il controllo della scala sperimentale.
Un altro grande vantaggio è il costo: la tecnologia dei microarray è ora relativamente poco costosa, permettendo a molti campioni di essere trattati. Gli svantaggi di ChIP-chip derivano dai limiti intrinseci della tecnologia microarray.
I microarray hanno una risoluzione limitata rispetto al sequenziamento, che può essere molto importante per individuare i siti di legame POI nel genoma. Inoltre, ChIP-chip ha un rapporto segnale/rumore più alto rispetto alle tecnologie di sequenziamento, il che significa che le interazioni sottili vengono perse (Ho et al., 2011). ChIP-chip è stato determinante nella comprensione della struttura e della funzione del genoma umano (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Ulteriori letture
Buck, M.J., e Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: considerazioni per la progettazione, l’analisi e l’applicazione di genome-wide cromatina immunoprecipitazione esperimenti. Genomics 83, 349-360.
Questa recensione è uno dei documenti seminali che descrivono ChIP-chip. Gli autori danno una buona introduzione alla tecnologia, e descrivono passo dopo passo, in modo FAQ come ChIP-chip viene eseguito.